隨著人民生活水平的提高，人們的保健意識和環境意識進一步增強，綠色有機蔬菜越來越成為人們的青睞。而肥料的施用直接關係到蔬菜的品質和生產環境。因此在選擇蔬菜生產的肥料時，應考慮到所施用的肥料是否對環境和蔬菜營養、品質等產生不良後果。
有些化肥施用於蔬菜後，可以提高其品質與產量，但有些化肥施用於蔬菜後雖能提高產量，卻對蔬菜產生汙染，引起食用者中毒。例如：硝酸銨和其他硝態氮肥一般不宜施用於蔬菜，硝態氮肥施入菜田後，會使蔬菜中的硝酸鹽含量成倍增加，硝酸鹽在人體中容易被還原為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是一種劇毒物質，對人體危害較大；氯化銨、氯化鉀等含氯化肥，不宜施用於番茄、馬鈴薯，因為含氯肥料在土壤中分解後，銨或鉀離子會被土壤吸附或被蔬菜吸收，濃度達到一定程度時，會對蔬菜根系產生毒害，嚴重的會造成蔬菜死亡；葉菜類蔬菜忌葉面噴施氮肥，蔬菜葉面噴施氮肥，其銨離子與空氣接觸後，易轉化為酸根離子被葉片吸收，加上葉菜類蔬菜生育期短，很容易使硝酸鹽積累在葉內，因此，忌在葉菜類蔬菜葉面噴施氮肥。
蔬菜生產中能夠施用的肥料類型和種類可包括以下幾種：
1、優質有機肥。有機肥是生產安全、綠色、有機蔬菜的首選肥料，具有養分全、肥效長、供肥穩、肥害小等其他肥料不可替代的優點，如堆肥、廄肥、沼氣肥、綠肥、作物秸稈、泥肥、餅肥等，施用前應充分腐熟。目前市場上也有商品有機肥可供選用。
2、化肥。生產安全、綠色、有機蔬菜原則上限制施用化肥，如生產過程中確實需要，要科學施用。可用於蔬菜生產的化肥有硫酸銨、尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀等既不含氯、又不含硝態氮的氮、磷、鉀化肥，以及各地生產的蔬菜專用肥。
3、生物菌肥。生物菌肥既具有有機肥的長效性，又具有化肥的速效性，並能減少蔬菜中硝酸鹽的含量，改善蔬菜品質，改良土壤性狀。因此，蔬菜生產應推廣使用生物菌肥，包括腐植酸類肥料、根瘤菌肥料、磷細菌肥料、複合微生物肥料等。
4、微量元素肥料。以銅、鐵、硼、鋅、錳、鉬等微量元素及有益元素為主配製的肥料。
5、其他肥料。如骨粉、氨基酸殘渣、家畜加工廢料、糖廠廢料等。