變法之前，舊貴族的爵位和俸祿是世襲的，世世代代享有政治和經濟特權。但商鞅獎勵軍功的新法規定，凡是沒有建立軍功的舊貴族，都要從宗室貴族的簿籍上除名，不許無功受祿。相反，有軍功的平民也可以按軍功封爵受賞，成為新貴族。過去，貴族有封地，自己就是封地中的君主，操生殺大權。商鞅廢除分封制，將貴族封地改設為由國君統一領導的郡、縣，大大削弱了宗室貴族的權力。
商鞅變法的一個核心內容是集權，削弱原來宗室貴族的權力，強化王權。這種集權符合了秦王的利益，所以才得到秦孝公的全力支持，但卻得罪了秦國宗室貴族集團，損害了一大批宗室貴族的利益。
事實上，隨著改革變法的不斷深入，商鞅與宗室貴族集團已經成為一對非常尖銳的矛盾。只是這個矛盾在秦孝公健在時還至於不可調和，有秦孝公的斡旋，矛盾的雙方還暫時表現為勢均力敵。然而，秦孝公一死去，這個矛盾就必然發展轉化為不可調和。
所以新君即位的秦惠文王面臨了抉擇。
很多人以為秦惠文王殺商鞅是報多年前的仇。其實不然，早在秦惠文王回到咸陽開始學習政事時，商鞅就在用心的輔助秦惠文王。這期間更是使秦惠文王堅定了改革的決心，只是秦惠文王新君即位在商鞅和貴族之間必須選擇一個。無疑選擇貴族才能使秦國得到安定，自己也才能順利即位。
可以說，商鞅奠定了秦統一天下的基礎，使兩代君王都堅定的支持改革，從而使秦帝國崛起於列國，強大於世界。
在商鞅下獄時，惠文王曾看望過他，最後請教了他幾個問題。當時的惠文王還在猶豫抉擇中，問商公：我該如何做？商公答：只有殺我，才能緩和秦國現在的矛盾。大概意思就是這樣。惠文王心中縱是千般不捨，可他是帝王，帝王的心中只有帝國。商鞅一死，不光是秦惠文王覺得對不起商鞅，很多百姓更是不捨。後來秦惠文王從他姐姐那裡得知，在秦孝公死前曾給商鞅一道遺昭，可保他性命。但是商公沒有，因為他怕秦國亂了，自己的心血付諸一旦。
一代名相，一個偉大的改革家，一個從魏國人脫胎換骨變成秦國人，一個有恩於大秦，一個被大秦辜負的人，商公就此退出了歷史舞臺。