柯南在最新這一話當中的最後一張裡，看起來似乎是和RUM這劇情連在一起了，但我覺得，黑田怎麼看都不像是組織的二把手，反而覺得他和透的關係就好像秀和詹姆斯的關係一樣，黑田是透的上司，個人覺得這個合理一點。
還有就是關於boss的身份，新一爸爸猜測是烏丸蓮耶，現在多種證據也指向烏丸蓮耶，，但按照作者一貫的風格，感覺大boss是不會這麼輕易就浮出水面哦
除了boss的真實身份之外，柯南連載已經20年了，有幾個疑團一直還沒得到合理解釋
灰原哀媽媽留下來的錄音帶，這出現在動畫版的300多集，灰原通過柯南的幫助，成功的找到了母親留給她的錄音帶，但目前公佈出來的錄音帶內容並不是全部的內容，還沒公佈的內容是不是和組織的祕密有關呢？
在紅與黑的碰撞這一系列的前後，琴酒說過一句話，“組織到現在還沒有打算啟用那個人的情報”，到現在為止，“那個人”到低是誰，我們還不知道，有網友猜想這個人是組織派到警方的臥底，也是有可能的，畢竟到現在組織裡紅方的臥底太多了
在紅與黑的碰撞系列中，有一幕是卡梅隆的回憶，在回憶裡，秀一本來約了一個組織的重要成員在倉庫見面，FBI佈局去抓他的，後來在現場出現了一個老人，卡梅隆向這個老人表露了身份，導致秀一身份暴露，至於在現場的那個老人至今還是一個謎，有人認為老人就是RUM！
赤井秀一的父親赤井務武是生是死，秀一曾經說過至今還未找到屍體，所以秀一爸爸還活著也說不一定哦
赤井秀一的媽媽mary的身份是不是英國軍情6處的特務呢，還有為什麼身體會跟柯南一般縮小也是一個謎團，是跟柯南同樣服用了APTX4869麼
而被稱作柯南世紀未解之謎的莫過於板倉卓所開發的軟件的真相了，到現在我想大家都還是很迷茫，有什麼軟件可以威脅到全人類的生命的？
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