如果是玩過一款經典遊戲《侍魂》的人，一定會對遊戲中出現的一個衣著華麗，手持寶珠的人物印象深刻，這個人物的名字也讓眾多的遊戲迷銘記在心：天草四郎時貞。但很少人在遊戲之餘去了解這個人的歷史背景，天草四郎是江戶幕府初年的那場大規模內戰——島原之亂的領導者。這場號稱“幕末維新以前最後的內戰”的戰亂因此也被稱為“天草一揆”。
這起戰亂的發生具有複雜的背景，夾雜著宗教戰爭、百姓一揆、浪人武士反亂等種種因素。事件的發生地九州的島原和天草兩地，這兩地之所以會成為戰亂策源地，與兩地在江戶初期的領主政策密切相關。
先說島原，島原位於九州肥前一地的島原半島，領主為鬆倉氏。這裡原本是著名的天主教大名有馬晴信的領地，所以，在島原有相當一批領民加入了天主教。在有馬晴信死於岡本大八事件以後，幕府於元和二年(1616)將大和國五條藩的4萬石大名鬆倉重政轉封到這裡，為島原藩主。鬆倉重政是一個奇怪的人物，他總想做些超越能力範圍的事。雖然島原只有四萬石的領地，但他在上任以後，卻大興土木，先廢棄原本的日野江城，驅使領民修築新的島原城(在今長崎縣島原市)，把日野江城的石料運輸到島原，修了一個十萬石大名規模的城池。修城進行時，他又驅使百姓去修築防波堤。在幕府安排江戶城“手伝普請”時，他一反一般大名承擔越少越好的心態，主動要求承擔和自己領地收入不符的重工程量，領主要面子，苦了老百姓，島原藩的領民承擔著幾倍的年貢和勞役，日子苦不堪言。
鬆倉重政對天主教一開始並不十分壓制，作為九州大名，他還希望利用天主教獲得貿易利益。但在寬永二年(1625)，他拜謁了將軍德川家光以後，態度來了個180度大轉彎，或許是幕府對他施加了禁教壓力，也或許是他又犯了好面子逢迎幕府的老毛病，開始大規模禁教。他採取種種酷刑迫害教民，如在臉上烙上“吉利支丹”的字樣，或者切落手指，甚至把人丟在雲仙嶽的溫泉熱水裡。對於交不出年貢的信徒尤其殘苛。鬆倉重政還突發奇想，要去“征服”天主教的“大本營”呂宋島，為此還向幕府申請大規模在領地內徵發軍役，這一提案因為他本人在寬永七年(1630)突然死去而告寢。不過，島原的領民們並沒有熬出苦日子，鬆倉重政的兒子鬆倉勝家對領民的苛政比其乃父來有過之而無不及。
天草和島原的情況大致相同，這裡原為天主教大名小西行長的領地，領地4萬石。小西行長因在關原參與西軍對抗德川家康，戰後這裡被轉賜給東軍的肥前唐津藩主寺澤廣高，寺澤家的領地因此達到12萬3千石。寺澤原本也是天主教大名，但後來棄教。在寬永六年(1629)，寺澤廣高也突然加強了迫害天主教的力度。且按照寺澤廣高的計算，天草一地的石高為42000石，包括田地37000石，桑、茶、鹽等經濟收入5000石，實際上的產出只有估計的一半，在島原之亂以後，幕府派來的管理天草的代官鈴木重成推動重新檢地，結果只有21000石，為此鈴木重成還不惜切腹向幕府訴請年貢減半。寺澤的計算意味著領民承擔著兩倍於承受能力的租稅。寺澤廣高死於寬永十年(1633)，其子寺澤堅高也延續了他的政策，繼續嚴厲推進幕府的禁教令。
除了禁教和壓迫領民以外，這一地區還存在幕府意想不到的危機。有馬晴信和小西行長死後，他們的原家臣手中的領地也被剝奪，轉給了鬆倉家和寺澤家手下的新領主，他們成為沒有生活來源的浪人，無論是出於為舊主復仇還是出於為自己爭取權力，他們都有理由起來反抗幕府。平戶的荷蘭商館館長庫凱巴凱爾(Nicolaes Coeckebacker)就在給巴達維亞的東印度公司總督報告中寫道：“原來領主的舊家臣們被奪取了收入，都成為百姓，生活非常窮困。雖然他們名為百姓，但實際上卻是能熟練使用武器的士兵。”最後一句話極其重要，這些人在這次暴亂中成為決定性的中堅力量。
寬永十四年(1637)十月，由於島原一地大旱，糧食歉收，鬆倉勝家卻不肯減少年貢，反而以籌集參勤交代的資金為名加倍蒐括，甚至徵收爐稅、窗稅、墓穴稅、棚稅。如果農民完不成交納，就追究負責年貢收取的莊屋的責任，莊屋的妻子、女兒一律押為人質。口之津村的莊屋與左衛門的妻子身懷六甲，因為完不成年貢，被領主浸入水牢六天，一屍兩命。到十月二十五日，憤怒的農民就揭竿而起，殺死了代官林兵佐衛門，發動一揆。島原藩慌忙發動鎮壓，討伐軍在深江村與一揆勢力接戰以後，因為兵力疲勞退回了島原城內，藩方決定把武器發給領民協助鎮壓，這反而讓更多的領民操起武器加入到了一揆方，以至於越鎮壓，暴亂越大，島原城下町被延燒一空，島原藩的局勢已經無法控制了。
肥後天草方面，原屬小西行長和有馬晴信、加藤忠廣等九州大名的武士聚集起來在天草湯島召開了祕密會議，一致同意推舉16歲的益田四郎時貞為首領，這位16歲的少年就是赫赫有名的天草四郎，他是小西家臣益田甚兵衛的兒子。為了讓他的領導能力更有說服力，小西的家臣們為之編造了不少的“神蹟”，包括將聖經裡的耶穌令盲人復明的故事移植到這位少年身上，通過神來組織起因飢餓和勞役被迫反抗的領民，據說他們高舉十字架配合島原一揆，於十一月十四日的本渡之戰中擊殺富岡城代三宅重利，並一度攻下了唐津藩的主城唐津城的北丸。在攻打本丸時，因對方防守牢固，一揆勢力放棄進攻，轉向島原，與島原的一揆勢合流，進入已經廢棄的原城防禦，形成了以小西行長舊臣為中心，有馬等舊臣為輔佐，由自下而上的一揆組織為基本形式(一揆，原本指的就是自下而上通過誓約等形式組成的聯合組織，後代指暴動，反亂)，以宗教為結連手段的起義隊伍，總勢力約達37000多人，其中大約有一半，也就是14000人為戰鬥人員，另一半則是婦女、小孩等非戰鬥人員。
對於這一一揆，幕府一開始並不在意，認為只是普通的百姓一揆，幕府命令三河國深溝藩主板倉重昌為討伐軍主帥，動員九州一地大名出兵包圍了原城。對於這一任命，深受家光信任的柳生宗矩據說提出了反對意見：“以深溝藩一萬餘石這樣的小大名，統帥九州一群大名，威望不足，正乃取敗之道。”不管柳生宗矩是不是真的那樣目光如炬，這一評價當真是恰如其分的。原城這一座廢棄的破城異常難攻。板倉重昌指揮下大軍完全拿不出士氣，在十二月十日和二十日連續發起了兩次總攻擊，全部被城內的一揆勢打退。焦急的幕府決定再派幕府老中鬆平信綱前來督戰。板倉重昌急於在鬆平信綱抵達戰場之前證明自己的能力，於是在寬永十五年(1638)元月一日發動第三次總攻擊，這一次，他為鼓動士氣，一馬當先，不幸陣亡，幕府軍丟下4000多具屍體狼狽逃跑。
鬆平信綱趕到島原以後，立刻組織增強兵力。除正使鬆平信綱統率1500人、副使美濃大垣藩主戶田氏鐵統率2500人，島原藩2500人，唐津藩7570人外，發動備後福山藩水野勝成5600人，筑前福岡藩黑田忠之18000人，筑後久留米藩有馬豐氏8300人，筑後柳河藩立花宗茂5500人，肥前佐賀藩鍋島勝茂35000人，肥後熊本藩細川忠利23500人，日向延岡藩有馬直純3300，豐前小倉藩小笠原忠真6000人，豐前中津藩小笠原長次2500人，豐後高田藩鬆平重直1500人，薩摩藩島津家臣山田有榮1000人。幾乎全部的九州大名都被動員起來，總數達到125000人之多。
坐擁那麼多兵力的鬆平信綱卻不準備強攻，他知道攻城乃下下之策，亦知道“小敵之堅，大敵之擒”的道理。鬆平信綱的手下中根正盛命令甲賀的忍者望月與右衛門帶領忍者隊暗中潛入城中調查，發現一揆勢兵糧並不多。鬆平信綱果斷決定圍而不攻，斷絕兵糧。同時，他力排眾議，通過長崎奉行向荷蘭商館發出了援助請求，要求荷蘭派出軍艦在海上對原城進行艦炮轟擊。荷蘭人爽快地答應了請求。於是，幕府軍以艦隊炮轟配合勸降心理戰，對城內一揆勢的士氣進行瓦解。
二月二十八日，鬆平信綱決定發起總攻擊，但總攻前一天，佐賀藩的部隊搶先發起了攻擊，城中的一揆勢兵糧已盡，到了只能吃海藻度日的慘境。城池很快為優勢兵力的幕府軍攻陷。天草四郎死於亂軍中，首級被幕府軍割下示眾。
在原城中，除了一名幕府軍的內應山田又衛門作以外，其餘的人幾乎都殉身城中。雖然幕府表示只要放棄天主教改宗，即可活命，但“及至婦女童子，皆無改教之念，亦絲毫不懼死，反而欣然受死”，帶給幕府很大的震撼。幕府進一步想到，如果葡萄牙或西班牙這樣的天主教國家作為島原之亂的外應，會有怎麼樣的可怕後果。
所以在戰後，幕府做出了內外兩方面的嚴厲處置，內部方面，島原藩主鬆倉勝家對本次一揆負有責任，沒收領地，判決斬首，成為江戶時代大名被斬首的唯一一人。寺澤堅高被沒收天草的領地，後寺澤因為精神失常自殺，寺澤家斷絕，引發島原之亂的兩家大名因此都遭到覆滅的厄運。佐賀藩主鍋島勝茂因在戰鬥中違反軍令，閉門思過半年。為防止廢棄城池再度成為一揆據點。幕府重申《一國一城令》，對廢棄城池厲行拆毀。對外方面，幕府在寬永十六年(1639)宣佈與葡萄牙斷絕外交關係，禁止日葡貿易，次年，葡萄牙從澳門派遣使節要求重建貿易關係，幕府逮捕61名使節並處決。寬永十八年(1641)，幕府下令將荷蘭商館遷移至長崎出島，鎖國體系完成。
至此，和日本仍然保持貿易往來的歐洲國家只剩荷蘭。但幕府對荷蘭人也仍然抱以戒心。寬永二十年(1643)，荷蘭商館根據流傳已久的“金銀島”傳說派船探險，探險船佈雷斯肯斯號(Breskens)遭遇風浪於六月漂到盛岡藩領地山田浦，當地人給予食水的同時上報本藩，當七月該船再度入港時，所有船員被盛岡藩扣留。幕府雖然接受荷蘭商館的保證釋放了船員，但日荷關係降入冰點，荷蘭急忙派出特使，以贈送火炮的名義面見德川家光，才獲得了幕府的諒解。
至於日本國內的天主教徒，幕府自島原之亂後開始徹底清查，幕府推動“宗門人別帳”制度，要求全體日本人到寺院進行登記，意味著全體日本人被強制成為佛教徒，而寺院成為戶籍登記機關，被納入到幕府統治體系中。佛教徒必須出具誓詞證明自己的信仰，而原天主教徒也要出具“南蠻誓詞”宣誓已經改宗，因此就出現了“如不脫離，復歸吉利支丹，會遭到天公上帝、聖母瑪麗亞以及諸天使的懲罰……”這樣的向上帝宣誓不信天主教的黑色幽默。
島原之亂僅是幕府統治危機的開始，緊接著在寬永十九年(1642)前後，由於九州的牛瘟擴大，東北地區火山噴發降灰、旱災、洪水、霜凍等自然災害，引發了日本在小冰河期的第一次大饑荒——寬永大飢謹。德川家光下令救災，接連發布兩道重要命令：寬永二十年(1643)三月發佈的《田畑永代売買禁止令》禁止土地買賣，同年發佈的《田畑勝手作禁止令》禁止將稻米田改作經濟作物田，以保證糧食生產，並限制酒、菸草等製造出售，推行儉約。但這只是杯水車薪。慶安四年(1651)四月，德川家光死於江戶城，遭遇危機的幕府迫切需要一場政策調整。
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