1844年（道光二十四年）五月，馮雲山跟隨洪秀全離開了廣東花縣，來到了廣西的貴縣賜谷村宣傳拜上帝教，並吸收了一百多個信教的農民為信徒。同年十月，洪秀全又返回花縣，而馮雲山則獨自一人留在潯州傳教，在剛剛來到古林社的一段日子，馮雲山曾靠拾牛糞來換米度日，後來在曾槐英的推薦下，得到了一份在桂平紫荊山做書館先生的活，此後，他開始白天教書，晚上則手提松明火把，翻山越嶺又串村走寨，到群眾中去宣傳拜上帝教，並不斷地發展會眾。

那些耕山燒炭的山民對馮雲山十分之信服，在不到3年的時間裡，經馮雲山發展的山區農民、燒炭工就有3000多人加入了“拜上帝會”，並培養了楊秀清、蕭朝貴等一批有號召鼓動力的骨幹分子。

1847年（道光二十七年）秋，洪秀全再次回到廣西與馮雲山見面，決定以桂平的紫荊山作為基地，馮雲山協助洪秀全設立“拜上帝會”的總機關，並參與了制定拜上帝會儀式和拜上帝教的基本教義和戒律《十款天條》：第一，崇拜皇上帝；第二，不好拜邪神；第三，不好妄題皇上帝之名；第四，七日禮拜，頌讚皇上帝恩德；第五，孝順父母；第六，不好殺人害人；第七，不好奸邪淫亂；第八，不好偷竊劫搶；第九，不好講謊話；第十，不好起貪心。

1847年（清道光二十七年）十一月二十一日，住在紫荊山蒙衝石人村的地主團練王作新糾集了一幫打手逮捕了馮雲山。馮雲山和王作新在以前還做過一段時間的朋友，可王作新見他私塾裡掛了副對聯：“聊借荊山棲虎豹，暫將紫水活蛟龍”，認為這是反詩，就此劃地絕交。此次，王作新責令保正押送馮雲山去桂平縣，在解往官府的途中，曾亞孫、盧六等人帶領了拜上帝會的兄弟在路上將馮雲山奪了回來。王作新於是惱羞成怒，跑到了縣衙去控告馮雲山“迷惑鄉民，結盟聚會”，“不從清朝法律”，“踐踏社稷神明”。要求“嚴拿正辦，俾神明洩憤，士民安居”。桂平知縣王烈看到當時社會的動盪不安，怕引火燒身，不敢究理。十二月十二日，王作新再一次起用團練把洪秀全、馮雲山、盧六、曾玉珍都捉住了，以“陽為拜會，陰圖謀叛”的罪名，經大湟江巡檢司，送往桂平縣獄。大湟江司巡檢王基留下了洪秀全、曾玉珍來勒取拜上帝會的賄賂，而把馮雲山、盧六解押去桂平縣監獄。王作新以結盟聚會數千人，不從清朝法律的罪狀到桂平縣衙控告馮雲山。

馮雲山在桂平獄中與團練王作新進行了不屈的鬥爭，他揭露了王作新的“凶惡謀害之意”，伸辯自己的冤枉，並申明人人應當拜上帝。

馮雲山在監獄裡面，不願把光陰白白虛度。他想到了古時周文王被商紂王囚在羑里而演周易的故事，如今他自己被囚在桂平監獄裡也應該做些有益的事才對。他見夏曆氣朔交爭，歲年又錯亂，且四季失位，算數又繁瑣，對農時應用很不方便，於是有了改革夏曆的念頭，在獄中的每一天，他都潛心研究曆法，並創造了一種以四季劃分一年、用立春為歲首、具有合於大自然規律、算數簡單又整齊、接近理想標準的一部新曆法，這就是後來太平天國所採用的《天曆》。

馮雲山被捕後，洪秀全從貴縣趕回到紫荊山營救，接著，他又千里跋涉回到廣州，希望利用1844年清政府准許洋人傳教的命令，去向兩廣總督提出申訴，要求釋放馮雲山和盧六，結果此去徒勞而碰壁。與此同時，廣大會眾已把燒炭得來的錢捐獻出來，科炭匯成了鉅款，賄買貪官進行營救馮雲山了。

清朝桂平知縣王烈認為馮雲山造反，要判處他和盧六凌遲極刑，王烈的上司、潯州知府顧元凱在看了馮雲山的材料後，認為他是一個讀書人，不應該會有膽量去造反，於是就讓王烈以“無業遊蕩，遣返原籍”來進行結案，反倒把原告王作新一家兄弟訓斥了一頓。

事實上，王家兄弟的確在狀紙上說馮雲山“不從朝廷法令”，想讓他嚐嚐凌遲的滋味，可馮雲山援引兩廣總督“傳教合法化”的飭令，搬出《聖經》對質，最終被判無罪。

馮雲山在大牢裡蹲了整整半年，1848年6月，他被遣返原籍，在遣返途中，走沒多遠，他就說服兩個解差皈依上帝教，一同返回紫荊山加入拜上帝會，此舉足以說明馮雲山的說服力多麼具有誘惑力，如果沒有足夠的理由去說服別人入教，怎會有那麼多教徒信奉拜上帝教，但此次坐監，盧六卻病死在大牢裡了。

馮雲山出獄後便發現，自己原本的地位已經不保了，當地的土著楊秀清、蕭朝貴則靠著神靈附體的把戲奪得了拜上帝會的實際掌控權，而馮雲山則被他二人架空了。傳統的說法是洪秀全去了廣州，設法營救馮雲山，而在桂平因無人擔任領導，拜上帝會實際上已被楊秀清和蕭朝貴操縱了。

1848年（道光二十八年）十月，馮雲山經會眾營救後出獄，隨後又返回花縣與洪秀全密謀進行反清起義。

1849年（道光二十九年）七月，馮雲山隨洪秀全重新回到紫荊山區，與楊秀清、蕭朝貴等結拜成異姓兄弟，形成領導了新的領導核心。1850年（道光三十年），馮雲山與洪秀全往平南花洲組織營團。1851年（咸豐元年) 馮雲山參與了領導金田起義，至此，計從太平天國辛開元年（1851年）起義起，到太平天國李文彩領導的最後一支壯族人民起義軍覆滅止（1872年），22年的太平天國造反史，確切地說，是從馮雲山而不是洪秀全開始的。

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