1908年11月14，光緒駕崩於中南海瀛臺涵元殿內，終年38歲，次日17點慈禧太后於儀鸞殿去世，母子二人相距一天而亡。
光緒去世時正值壯年，而掌控其一生的慈禧太后後他而去，讓人疑竇叢生，死因存疑百年。
1 袁世凱毒死說：袁世凱在戊戌政變中，關鍵時刻出賣光緒帝，導致變法失敗，光緒被囚禁。慈禧在此時年紀已大，身體每況日下，怕慈禧死後，光緒重新掌權，不會放過他。拒清末一名太監說，光緒生病時，醫藥無用，袁世凱覓得奇藥送給光緒帝所喝後，光緒駕崩。
小編：小編認為此觀點不可靠，據傳光緒帝每日在瀛臺怒罵袁世凱，做小娃娃懸於柱上，每日刀砍，牆書名，寫死字，那麼光緒帝怎麼會信袁世凱的藥呢。而且袁世凱此時並未完全掌權，慈禧還活著，毒殺皇帝全身而退怕是不可能。雖不是袁世凱毒死，但中毒說法，逐漸為觀點主流，參照名醫屈桂亭《診治光緒祕記》中記載光緒死前三天在床上翻滾，大喊我肚子痛的不得了，面黃，舌焦黑，此係與前病絕少關係，太監對之諱莫如深。
2光緒自然病死說：光緒自幼體弱多病，官方文獻多記載光緒帝早洩，遺精，耳鳴，失眠症狀，且有二十年之久，可見光緒帝身體虧空，體弱多病，加之被幽禁，心情煩悶，珍妃被害後，精神也崩潰，身體加之精神折磨，導致光緒死亡。
小編：我認為光緒病死也不完全可信，文獻記載光緒雖體弱多病，但並未有病重之勢，太監回憶光緒死前，曾抱腹痛喊疼痛難忍，床上亂滾。
3慈禧害死說：慈禧與光緒一前一後死亡，太監回憶說，慈禧病重後，有人向慈禧告密說光緒聽說老佛爺病重後，面露喜色。慈禧聽後，暴怒，故害死光緒。
小編：我認為也不可信，光緒雖不是慈禧親生，但是從小就在慈禧身邊長大，也是有感情的，直接害死他，於情於理都不可信。另外文史記錄慈禧其實不是久病而死，光緒死後，慈禧仍然在處理政務，第二天還安排繼承人問題，精神抖擻，並沒有去世預兆。午飯過後，太后突然病重，這是無法預想到的。
2002年中國國家清史編纂委員會，歷時5年，通過對光緒頭髮、遺骨、衣物進行檢測化驗，得出結論：「光緒帝死於砒霜中毒」。
歷史的奇妙在於你無法看到真相，光緒死於砒霜中毒，也無法得知是誰而為，還是服用了什麼東西，慢性中毒。我們不得而知，只好哀嘆光緒的生不逢時。
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