水是水產養殖動物賴以生存的外在環境，亦是水產養殖動物生長和發育的生命源泉。近年來，隨著養殖水體集約化的規模發展和化學肥料的大量施用，少施有機肥或不施有機肥，已經成為養殖水體有機質迅速下降的主導原因，有機質嚴重缺乏已嚴重阻礙了我國水產養殖業的和諧、健康、可持續發展。因此，提高養殖水體有效有機質含量勢在必行，而增施有機肥是解決當前這一問題的最為直接最為有效的途徑。
水產上常見的有機肥料種類繁多，有人糞尿、畜禽糞、廄肥、堆肥、漚肥、沼氣肥、泥炭及腐殖酸類肥料等，各種有機肥的營養指標、成分、含量、性質、肥效各不相同，但施用有機肥的作用基本相同。
①有機肥可以有效提供養殖水體所需的宏量、中量、微量元素，且無機養分和有機養分有機結合，養分比較均衡齊全。
②有機肥有很高的酶活性，能夠有效的降解養殖水體中難以利用的木質素和纖維素。
③有機肥可以有效改良養殖水體的底質，有效釋放和提升養殖水體的各種養分和肥力，促進養殖水體的良性循環。
動植物糞便的合理貯存主要目的是有效保存有機肥的各種養分和消滅病菌。糞坑、糞池等貯存器的四周及底部應先夯實，再用水泥或三合土砌成，以防尿液滲漏，貯糞池或糞坑應遮蔭加蓋，防止日晒雨淋，既減少氨等營養元素的揮發，又改善環境衛生，否則，若不注意有機肥衛生管理和無害化處理，則容易傳播流行疾病，危害生命健康。
堆肥是製備有機肥最為常見的方式之一。通常就是利用秸稈、雜草、樹葉、各種綠肥、泥炭以及其它動植物廢棄物為主要原料，再加上其它相應的輔料進行堆積而成。堆肥的製作過程是一系列微生物對有機物質進行礦質化和腐殖化作用的複雜過程。
a.升溫階段：在堆肥堆制的初期，由於大量微生物的進入和增殖，有機物質等各種營養元素開始在微生物的作用下不斷進行分解並釋放熱量，溫度不斷升高，這一過程快的要3d，慢的要5d，溫度就可以達到55℃以上。
b.高溫階段：當堆內溫度高於55℃時，堆體就進入高溫階段，此階段各種反應比較複雜比較劇烈，如複雜的有機物質如半纖維素、木質素、蛋白質等強烈礦質化，同時腐殖化產生黑色物質——腐殖質，這是構成有機肥的核心部分。
c.降溫階段：當堆內溫度超過80℃後，大多數微生物不能適應高溫而大量死亡或進入休眠狀態，溫度開始逐漸下降，降到55℃以下時，中溫性微生物又重新佔據優勢，這時堆肥可繼續進一步腐熟，腐殖質不斷增加，此時大部分有機質已被充分降解，剩餘部分是難降解的部分，微生物活動逐漸減弱，產熱減少，堆溫下降。
d.腐熟階段：當大部分有機質被分解後，堆內溫度僅高於氣溫，此時堆肥已經進入腐熟階段，此階段重點是保存已形成的腐殖質和各種養分，以提高腐殖化係數和保存氮素，特別是氮素養分的保存尤為重要。
有機肥主要原料的主要成份是纖維素、半纖維素、蛋白質、糖以及低含量的氮、磷、鉀等，這些養分物質經過發酵、腐解、分解轉化為水體有機質，方式有2種，一是經過堆漚後再施入養殖水體，二是直接放入養殖水體發酵，可節省運輸和勞力成本，而且在養分損失方面比經過漚制的有機肥效果要更好些，但容易造成養殖水體的氧負載，直接或問接的對養殖動物造成危害，嚴重者容易造成水體泛塘。
因此，從安全的角度考慮，還是傾向於第一種方式，同時經過高溫階段的處理，有機肥中的各種病、蟲、害都得到了很好的安全化處理，不容易再次造成養殖水體的原發性或繼發性感染。
另外，在使用有機肥的同時非常有必要增施一些氮肥，以促進微生物活動，以免微生物為了分解有機質和浮游植物爭奪養殖水體中的速效氮肥。總而言之，使用有機肥可以有效改良養殖水體的微生態環境，促進養殖水體的物質流、信息流和能量流進入良性循環，保持養殖水體的養分均衡，增加養殖水體的肥力和活力，促進養殖水體的增產增收雙重目的。