截止2017年6月，昌吉州州轄區內榮獲國家、自治區、自治州級以上農業產業化重點龍頭企業共185家。其中：國家級8家（全疆32家，佔全疆25%）；自治區級67家(全疆507家,佔全疆13.2%);自治州級110家。
一、瑪納斯縣（共14家，其中：國家級1家，區級家6家，州級7家 ）
1、瑪納斯澳洋科技有限責任公司★★★
2、瑪納斯銀天棉業有限公司★★
3、瑪納斯舜泉化纖有限責任公司★★
4、瑪納斯源一實業有限公司★★
5、瑪納斯新澳畜牧有限責任公司★★
6、新疆中信國安葡萄酒業有限公司★★
7、新疆歐博達酒業有限公司★★
8、瑪納斯祥雲化纖有限公司★
9、瑪納斯華西種業有限公司★
10、新疆天山香生物科技有限公司★
11、新疆匯德源果酒有限公司★
12、新疆桑悅葡萄酒業有限公司★
13、新疆金玉米農業科技有限公司★
14、中棉集團瑪納斯棉業有限公司★（2017年遞補）
二、呼圖壁縣：（共32家，其中：區級7家，州級25家）
1、新疆呼圖壁種牛場有限公司★★
2、新疆中紡錦華棉業有限公司★★
3、新疆維維天山雪乳業有限公司★★
4、呼圖壁縣北疆糧油工貿有限責任公司★★
5、新疆雲龍油脂有限公司★★
6、呼圖壁縣天山農業發展有限公司★★
7、新疆德源投資有限公司★★
8、呼圖壁縣隆盛油脂有限公司★
9、新疆盛海油脂有限公司★
10、新疆麥立德保鮮技術開發有限責任公司★
11、呼圖壁縣亞心番茄製品有限公司★
12、呼圖壁萬源棉業有限責任公司★
13、新疆保利興農生物有限公司★
14、新疆東旭冷藏保鮮有限公司★
15、呼圖壁縣雲龍棉業有限公司★
16、新疆永瑞豐農業發展有限公司★
17、新疆禾潤畜牧股份有限公司★
18、新疆樂活果蔬飲品有限公司★
19、呼圖壁縣嘉泰油脂有限責任公司★
20、新疆雨承農業科技發展有限公司★
21、新疆綠鷹農牧業開發有限公司★
22、呼圖壁縣金昊工貿有限公司★
23、新疆呼圖壁國家級苗木交易市場股份有限公司★
24、呼圖壁統一企業番茄製品科技有限公司★
25、新疆大唐西域酒莊股份有限公司★
26、新疆宇華紡織科技有限公司★
27、呼圖壁縣樹蓮山食品有限公司★
28、昌吉州開口香食品有限公司★（2017年遞補）
29、新疆德盛和乳業有限公司★（2017年遞補）
30、呼圖壁縣西域興業農業科技有限公司★（2017年遞補）
31、新疆呼圖壁八一面粉有限責任公司★（2017年遞補）
32、呼圖壁縣佳藝德輝花卉有限公司★（2017年遞補）
三、昌吉市：（共63家，其中：國家級4家，區級28家，州級31家）
1、麥趣爾集團股份有限公司★★★
2、新疆天山麵粉（集團）有限責任公司★★★
3、中糧屯河股份有限公司★★★
4、昌吉州糧油購銷(集團)有限責任公司★★★
5、昌吉回族自治州昌農農業生產資料有限公司★★
6、新疆金鑫生物科技發展有限公司★★
7、昌吉金西域棉業有限責任公司★★
8、中棉集團昌吉市棉花有限公司★★
9、新疆佳弘工貿（集團）有限公司★★
10、新疆亞中（集團）有限公司★★
11、新疆昌潤商貿有限責任公司★★
12、新疆華興投資集團有限公司★★
13、新疆三旺飼料有限公司★★
14、益海（昌吉）糧油工業有限公司★★
15、新疆笑廚食品有限公司★★
16、新疆昌農種業股份有限公司★★
17、新疆九禾種業有限公司★★
18、天山農牧業發展有限公司★★
19、新疆華西種業有限公司★★
20、新疆大禾油脂有限公司★★
21、新疆天山畜牧生物工程股份有限公司★★
22、新疆傑農種子有限責任公司★★
23、昌吉市駱氏酒花科技有限公司★★
24、新疆倉麥園有限責任公司★★
25、新疆祥豐生物科技有限公司★★
26、新疆朗青畜牧有限公司★★
27、新疆百味餐飲食品有限公司★★
28、新疆小金牛食品有限公司★★
29、昌吉市中盛工貿有限公司★★
30、昌吉州西亞種子有限責任公司 ★★
31、新疆老炒坊食品科技開發有限責任公司★★
32、昌吉市雪羚生物科技有限責任公司 ★★
33、昌吉州棉麻有限責任公司★
34、新疆綠洲人造板有限責任公司★
35、新疆金天山農業科技有限責任公司★
36、新疆天仁食品有限公司★
37、昌吉市田農科技種業有限公司★
38、新疆葡城酒業有限公司★
39、昌吉市盛華商貿有限責任公司★
40、新疆七彩農業有限公司★
41、昌吉州瀚園農業科技有限責任公司★
42、昌吉市新祥林食品有限責任公司★
43、昌吉市博世農產品開發有限公司★
44、新疆農人種子科技有限責任公司★
45、新疆綠龍農業開發有限公司★
46、昌吉州銳通木業有限公司★
47、新疆盛鉑農業科技發展有限公司★
48、新疆吉米亞種業有限公司★
49、新疆託美託番茄科技開發有限公司★
50、新疆海聯三邦投資有限公司★
51、中澳德潤牧業有限責任公司★
52、新疆家瑞澤智慧農業科技發展有限公司★
53、新疆九禾投資集團有限公司★
54、新疆真椒傲農業發展有限公司★
55、新疆廣宇科技發展有限公司 ★
56、新疆喜多粒食品有限公司 ★
57、新疆岐峰農副產品交易市場（有限公司）★ （2017年遞補）
58、新疆首禾農業發展有限公司★（2017年遞補）
59、昌吉市昌鼎工貿有限公司★（2017年遞補）
60、新疆北園春豆香緣食品有限責任公司★（2017年遞補）
61、昌吉市豐葵源油脂有限公司★（2017年遞補）
62、新疆西部鐵牛農業機械有限公司★（2017年遞補）
63、新疆金新域生物科技開發有限責任公司★（2017年遞補）
四、阜康市：（共15家，自治區級6家，州級9家）
1、阜康市福康源禽業有限責任公司★★
2、阜康市金嶺糧油工貿有限責任公司★★
3、阜康市天阜生態科技有限公司★★
4、新疆源森農業開發有限公司★★
5、阜康市瑞河糧油工貿有限責任公司★★
6、新疆智遠農產品經營有限公司★★
7、阜康市九龍果業有限公司★
8、新疆玖運景緻農林科技發展有限公司★
9、新疆高地食品有限公司★
10、昌吉州玉豐源種子科技有限責任公司★
11、阜康市伊麥香城食品有限公司★
12、新疆德天利農業發展有限責任公司★
13、新疆康美瑞農業發展有限公司★
14、新疆泰谷生物肥料有限公司★（2017年遞補）
15、阜康市西域烈焰酒業有限公司★（2017年遞補）
五、吉木薩爾縣：（共13家，其中：國家級1家，區級7家，州級5家）
1、新疆莊子實業有限公司★★★
2、新疆三臺酒業（集團）有限公司★★
3、新疆金庭果蔬製品有限公司★★
4、新疆中德農業發展有限公司★★
5、吉木薩爾縣北庭有機食品科技有限公司★★
6、吉木薩爾縣鑫綠源農業科技開發有限公司★★
7、新疆瑞源豐貿易有限公司★★
8、新疆天山驕子食品有限責任公司★★
9、亞寶藥業新疆紅花發展有限公司★
10、新疆原野食品有限責任公司★
11、新疆亨潤農業科技有限公司★
12、吉木薩爾縣紅花王食品科技有限公司★
13、新疆創興農產品開發集團有限公司★（2017年遞補）
六、奇臺縣：（共25家，其中：區級8家，州級17家）
1、新疆第一窖古城酒業有限公司★★
2、新疆烏蘇啤酒奇台制麥有限公司★★
3、新疆奇台八一面粉有限責任公司★★
4、奇臺縣博峰偉業有限責任公司★★
5、奇臺縣天和中央市場有限責任公司★★
6、新疆潤之農業發展有限公司★★
7、奇臺縣新世紀有限責任公司★★
8、奇臺縣玉新糧油工業有限責任公司★★
9、奇臺縣新奇康糧油工業有限責任公司★
10、奇臺縣創興工貿有限責任公司★
11、奇臺縣金奇種豬繁育有限公司★
12、奇臺縣西域紅農業科技有限公司★
13、奇臺縣鑫源種豬場★
14、新疆天山東部現代農產品物流園有限公司★
15、奇臺縣農豐投資管理有限責任公司★
16、奇臺縣糧都農業服務專業合作社★
17、奇臺縣永興種雞場★
18、新疆千禾農業科技開發有限公司★
19、奇臺縣豐裕農業服務專業合作社★
20、新疆豪子畜牧業有限公司★
21、奇臺縣鑫豐源食品有限責任公司★
22、奇臺縣吉布庫鎮賽倆目農產品加工合作社★
23、新疆華麥新糧麵粉有限責任公司★（2017年遞補）
24、新疆九域豐谷農產品有限公司★（2017年遞補）
25、新疆綠星農業開發有限公司★（2017年遞補）
七、木壘縣：（共10家，其中：自治區級2家，州級8家）
1、新疆天山奇豆生物科技有限責任公司★★
2、新疆龍騰天域農業科技股份有限公司★★
3、新疆天農畜牧科技發展有限公司★
4、新疆駱甘霖生物有限公司★
5、木壘縣三泉酒廠★
6、木壘縣金冠畜牧養殖農民專業合作社★
7、木壘縣綠源豆製品有限責任公司★
8、木壘縣興木種業有限責任公司★
9、木壘縣鷹哥生物科技有限責任公司（2017年遞補）
10、新疆木壘縣三糧酒廠（2017年遞補）
八、昌吉國家農業園區（共13家，其中：國家級2家，區級3家，州級8家）
1、新疆西域種業股份有限公司★★★
2、新疆泰昆集團股份有限公司★★★
3、新疆永華生物科技開發有限公司★★
4、新疆慧爾農業科技股份有限公司★★
5、新疆金強農業科技有限公司★★
6、新疆雪山果園食品有限公司★
7、新疆恆豐現代農業科技股份有限公司★
8、新疆宜家樂食品有限公司★
9、新疆樂鼎元食品有限公司★
10、新疆華牛天俊種畜繁育工程有限公司★
11、新疆鳳凰遠山農業發展有限公司★
12、新疆正生農業資源開發研究院（有限公司）★
13、新疆果王生態農業科技開發有限公司★（2017年遞補）
說明：1、★★★為國家級農業產業化重點龍頭企業；★★為自治區級農業產業化重點龍頭企業；★為自治州級農業產業化重點龍頭企業。
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