關於畲族來源眾說紛紜，莫衷一是，主要有以下幾種說法：
（一）畲瑤同源於漢晉時代長沙的“武陵蠻”（又稱“五溪蠻”）說。此說認為畲族和大部分瑤族都家喻戶曉地流傳有屬於原始社會遺留下來的圖騰崇拜——盤誇瓜傳說，傳說的內容與漢晉時代分佈在長漢中下游的“武陵蠻”所流傳的盤誇瓜傳說大同小異，據此認為畲、瑤兩族與“武陵蠻”有密切的淵源關係。瑤族中自稱為“勉”的“盤誇瓜瑤”（或稱“盤瑤”、“板瑤”, “頂板瑤”、“過山瑤”）與自稱為“門”的“山子瑤，約佔瑤族總人價的一半以上也崇信盤誇瓜傳說。
史籍多稱瑤族和畲族本是“五溪蠻”盤誇瓜之後，畲、瑤兩族不僅有相同的反映原始圖騰崇拜的盤誇瓜傳說，而且有汗多相同的習俗，在史籍上往往是畲、瑤並稱，甚至說畲族就是瑤族。直到清代，畲、瑤還是混用，往往稱畲族為“瑤人”。畲族族譜記載亦有自稱為“瑤戶”、“徭人子孫”等。現在分佈在廣東海豐、惠陽、增城、博羅的畲族仍稱自己為“粵瑤”，在海豐、惠陽的漢人稱他們為“畲民’，但在增城卻被漢入稱為“山瑤“。兩族都具有相間的姓氏，傳說畲族有盤、藍、雷、鍾、四大姓，但實際上除廣東增城縣有幾十個盤姓畲族外，其它地區未見盤姓。福建霞浦縣畲族族譜中有一段對盤姓兄弟失散的解釋：相傳唐光啟二年（公元886 年）盤、藍、雷、鍾、李等姓畲族360餘丁口，從閩王王審知由海道來閩，至連江馬鼻道登岸後，徙居羅源大壩頭。盤王碧一船被風漂流，不知去向，故盤姓在畲族中失傳。畲族傳說中的大哥盤姓留在廣東。但在瑤族中盤姓卻很多，也有藍、雷等姓氏。兩族至令仍保有一種漢文文書，在瑤人中稱《 過山榜》 ，在畲人中稱《 開山公據》 ，兩者內容大同小異，都同樣記載著具有原始圖騰崇拜性質的盤誇瓜傳說，此外還記述封建皇帝賜給他們券牒，准許他們租種山地，不納糧租，不服謠役等特權，但不得到平原上耕種，不得與漢人通婚。
在語言方面，雖然99％以上的畲族操接近於漢語客家方言的語言，但居住在廣東惠陽、海豐、增城、博羅一帶的畲族卻操瑤族“布努”語，這種語言屬漢藏語系苗瑤語族苗語支的語言。廣東潮安縣鳳凰山的畲族目前固然操潮州話或客家話，但在《 潮州府志》 中卻記錄下這裡禽族在歷史上曾經使用過的一種語言與今天海豐、惠陽、增城、博羅一帶畲族所使用的苗瑤語族苗語支的語言很相似。在音調上，雖然有不少地方的畲族民歌類似客家的山歌詞，但福建寧德地區卻存在著完全不同子客家山歌的四種畲族傳統的基木音調（福寧調、福鼎調、霞浦調、羅連調），這四種基本調和自稱“勉”的瑤族和“布努瑤”的基本調有驚人的類似之處。過山瑤唱的民歌傳統基本調是“拉發調”，拉發調中長調的“跟聲”唱法與畲族的二聲部合唱”雙條落”有許多類似之處。瑤族的拉發調又和羅源、連江等縣畲族的“羅連調”在音調（包括音列、調式、節奏）的基本特點是相一致的。民族語言的親屬關係反映其民族淵源關係十分密切，民族近親是語言親屬關係的基礎。
根據上述種種的理由，從而推斷畲、瑤同源於漢晉時代“南蠻”中包括長沙“武陵蠻”在內的一支，他們之間的；歷史淵源關係是十分密切的。持此說者人數較多，由於可佐證的材料比較豐富。所以比較可信。
( 二）東夷說。有人在畲、瑤同源於”武陵蠻”說的墓礎上，更進一步把畲族遠源追溯至春秋戰國時期生活在淮河與黃河之間的“東夷”裡靠西南的一支“徐夷”，認為畲族和大部分瑤族同源於“武陵蠻”，而“武陵蠻”是“東夷”遷居鄂、湘西部地區後，融合了其他民族成份而形成的。
此說從先秦氏族的遷徙、神話傳說、考古資料及文化特點等方面，論證了“武陵蠻”中的一支“誕”（即“莫徭”）是由“東夷”族群遷到湘西、鄂西后，融合了三苗、氐羌（犬戎）的成份而形成的。到唐宋之際，“莫徭”在遷徙過程中，又分別發展形成新的族體—— 畲族、瑤族，有一部分加入苗族中。有人更從畲族的族譜記載中找到畲族與“東夷”密切關係的線索。傳說在盤誇瓜王時，“東夷”王獻美女奇珍、奇珪、奇珠三人，美貌丰姿，盤誇瓜王以長女奇珍賜配長男盤自能，以次女奇硅賜配次男藍光輝，蘭女奇珠賜配三男雷巨佑，孫女龍郎公主配鍾智深為婚。
已故的潘光旦教授把長沙“武陵蠻”的淵源關係往前追溯到春秋戰國時代生活在淮河和黃河之間的“東夷”裡靠西南的一支“徐夷”。他認為“徐夷”與苗、瑤、畲都有密切的淵源關係，後來向長江流域活動進入五嶺山脈中的一部分，就是發展為今夭的瑤族，一部分從五嶺山脈向東在江西、福建、浙江的山區裡和漢族雜居融合而成為畲族；另一部分曾定居在洞庭湖一帶，即後來進入湘西和貴州的苗族。有人從高辛氏和“東夷”、畲族的文化遺產作了比較，如死人洞葬，拾骨重葬，喪葬以歌代哭，結婚時男女不對拜，女子結髻、蒙青巾、扎紅頭繩、插花鳥銀飾、穿戴鳳羽樣衣冠、梳妝用“銅鏡”，煮飯用“鬲”，生產用“鎬”，打獵用”弩”，腳穿木拖鞋、草籠鞋，喜唱山歌，對本族人說“山哈”話，自稱為“徐家人、”，稱中土漢人為“阜佬”，稱土著漢人為“閩家人”，愛狗，流傳“一犬九命”（意即打死一城頭狗要賠償九條人命）的故事，傳頌“風凰鳥”，結婚時正門橫眉上寫“鳳凰到此”四個字的橫聯等等，說明高辛帝嚳、東夷、徐夷、畲族具有極其密切的淵源關係。
（三）“越人”後裔說。認為畲族乃古代越人的後裔，此說根據史籍中關於古越人和今天畲族在分佈地域上的對照、民間傳說和歷史記載的偶同或從族稱義、音的演變去推論以及畲，越具有共同的盤誇瓜傳說，共同的生產方式，生產水平和共同的風俗習慣等，認為畲族乃古越人的後裔。在“越人”後裔說中，又有許多不同的具體說法，如認為畲族乃春秋時期越王勾踐或范蠡的子孫；有認為畲族是我國秦、漢時代的越人後裔；還有認為畲族是源於漢晉討代的’‘山越”，特別是與漢高祖十年（公元前196 年）封地在閩、粵、贛三省交界地區的越人後裔南海王織有密切的淵源關係，等等。
（四）“南蠻”說。此說認為畲族乃“蠻”或“南蠻”的一支，是廣東的土著民族。此說認為盤誇瓜傳說不僅流傳於‘武陵蠻”中，也包括《 搜神記》 中所說的“今即樑漢、巴蜀、武凌、長沙、廬江郡夷是也”，相當於今天大半個南中國。說畲、瑤同漢晉時代長江的崇奉盤誇瓜傳說的“南蠻”有密切的歷史淵源關係，又因福建、浙江等地這畲族家喻戶曉傳說廣東鳳凰山乃是他們民族的發樣地，從而論證畲族乃東漢時期久居廣東的“南蠻”一支，是廣東的土著民族。
（五）福建土著“閩”族後裔說。此說認為閩、越乃我國南方的兩個古老民族，閩族系福建土著，乃畲族之先民，越乃福建的客族，畲族非衍出於越族。
此外，還有人認為畲族源於古代河南“夷”人的一支，是屬於高辛氏近親的一支氏族部落。有的認為畲族源於河南，其祖先是“龍麒”，等等。
總之，關於畲族的來源，目前尚無定論。
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