尼日利亞是於1960年10月1日獨立的時候，形成的是聯邦制的國家。尼日利亞北方的面積最大，人口也佔了一半以上，因此自然就成了尼日利亞最大的勢力，在1959年的大選中，來自北方的以信奉伊斯蘭教的豪薩富拉尼族為主的政黨北方人民大會（簡稱為NPC）贏得了134個席位，接近全國總席位的一半，成為最大黨。這一百三十四個席位，都是來自北方。由於超過半數，所以就需要找其他的政黨合作。北方人民大會有兩個選擇。一個是來自東部的以信奉基督教的伊博人為主的尼日利亞國民民族會議（簡稱為NCNC），NCNC一共贏得了89個席位，是第二大黨。另外一個來自西部的以基督教的約魯巴人為主的行動團體（簡稱為AG），擁有了73個席位，第三大黨，東部和西部加在一起被稱為南方。
尼日利亞的南北差異非常大，在南方大多數的人信仰基督教，在北方則大多數人信奉伊斯蘭教，南北兩方的社會發展程度也很不相同，完全像是兩個不同的世界。1963年，尼日利亞改成了聯邦共和國，尼日利亞國民民族會議的領導人阿齊克韋就成了首任總統。
獨立之後，如何分配國家資源就成了NPC、NCNC以及AG這三大政黨的主要工作。由於執政黨總是可以更方便地分配國家資源，這就難免會招致另外兩個黨派的不滿，三個黨派之間彼此爭論不休，最終議會陷入混亂，基本上無法運作了。
在這三個黨派中，首先遭到嚴重削弱的是第三大黨AG，聯邦政府找了個藉口去審查AG政黨高層及其企業，於是乎，AG高層的腐敗逐漸被揭露出來。不久，聯邦政府又把西部也分成了兩部分，AG的勢力遭到了極大的削弱。 不過以北方人為主的聯邦政府內部也不團結。東部的NCNC加入聯盟，目的自然是為了得到最大利益，其領袖成了國家總統，政黨的重要人物進入了聯邦政府，由於東部的伊博人受教育的程度最高，便為聯邦政府提供了大量的軍官和公務員。但是東部的伊博人十分不滿聯邦政府提出的以北方為發展中心的六年規劃。此外，北方人仍然十分不信任南方人，擔心南方的東西部會聯合起來，自己就不能再占主導地位。為了保護自己，千方百計不讓擁有知識和技術的南方人進入北方地方政府，並想盡方法限制南方人在北方的影響力。 雖然各懷鬼胎，但此時南北方都還在規則內行事，還沒有徹底鬧僵。由於各個地區人口的數量的多少會決定其在聯邦議院中的席位，所以人口普查幾乎可以決定尼日利亞的發展前景。
1961年，尼日利亞境內的英屬喀麥隆殖民地獨立後其歸屬成為了一個大問題。這塊殖民地分成了兩個主要部分，分別為南喀麥隆和北喀麥隆。其中北喀麥隆決定留在尼日利亞，而南喀麥隆決定加入新獨立的喀麥隆共和國。這使得南方的人口又少了一塊，北方的優勢進一步加大。
1962年，尼日利亞進行人口普查，結果顯示北方的人口十年間的1680萬人增加到了2250萬，增幅大約為30%，而東部的增幅就更加離譜了，結果顯示人口竟然增長了71%，一些地區的人口增長了200%，西部的增幅也在70%左右！按照這個新的統計數字，北方的總人口就少於一半，意味著北方不能繼續保持優勢，於是，北方人決定重新開始統計，結果不知道從哪裡又找出來850萬人口，使得北方人口增長率達到了80%，北方總人口繼續超過半數。最終，按照這個更新的結果公佈，北方取得了重大勝利。但是因為此次事件，南北矛盾就正式爆發了。在1964年大選中，主要是南北方的爭奪，一方是北方人的政黨聯盟NPC；另一方為東部人的NCNC和西部人的AG聯手，雙方都熱衷於在大選中作弊。大選結果為北方又再一次取得了勝利，東部的NCNC在權衡利弊之後，認為作為輔助角色加入聯邦政府怎麼也要比當反對黨好，於是就拋棄了西部的AG，又一次加入了聯合政府。
1965年，到了西部選舉的時候，阿金托拉組織的尼日利亞民族民主黨（簡稱為NNDP）為了確保勝利，使用了一大堆作弊手段（如偽造選票、賄選、阻止對方候選人登記等等），結果NNDP雖然獲得了選舉的勝利，西部地區就此爆發了暴亂，對政治人物的暗殺也開始了，整個西部這一次真地陷入了混亂。而聯邦政府對此卻不管不顧，就這樣，阿金托拉被萬眾指責的對象，特別是有了參政意識的軍方，對這兩個人非常不滿。
1966年1月15日，一場組織嚴密的軍事政變突然爆發，聯邦總理巴勒瓦被軍人們帶到城外的路邊槍斃，屍體丟在路邊。北方總理和西部總理也被槍殺，此外，還有許多高級官員被殺，這次政變進行得非常順利，其主要組織者之一的恩澤奧古少校還通過電臺對外宣佈了最高革命委員會的革命目標，是推翻這個腐敗的政府，建立新的秩序。不過這個革命並沒有堅持多久，尼日利亞軍隊的大部分對這個革命並不感興趣。很快，尼日利亞的軍隊最高領導人伊龍西准將就取得了大部分軍隊的支持，牢牢控制住了軍隊，竊取了革命果實，成為尼日利亞第一屆軍政府領導人。
在南方，這場政變得到了普遍的歡迎，其領袖成了民族英雄；在北方，政變一開始也得到了好評。不過沒過多久，北方很快就覺得不對勁了。軍政府裡面最重要的七位軍官，有六位是來自東部的伊博人。顯然，這次政變之後，政權成了伊博人的天下，而伊博人是南方人裡面最可怕的。北方人對南方人的恐懼終於又開始抬頭。
伊龍西將軍是一個頭腦簡單的軍人，不大理解政治的複雜性，上臺沒多久就開始犯政治錯誤。為了補充那些政變中被殺被處理的軍官的位置，伊龍西決定按照資歷晉升，但關鍵在於伊博人在軍官中佔有絕對優勢，結果得到晉升的大部分都是伊博人，這樣做難免會招致北方人的不滿意。伊龍西相信聯邦制是尼日利亞政局混亂的根源，因此決心要統一尼日利亞，取消強大的地方政府，給予中央政府更大的權利，這很明顯已經觸到了北方人的底線。
1966年3月24日，伊龍西廢除了聯邦憲法，宣佈尼日利亞統一，這個決定立刻遭到了北方的大規模反對。同年7月29日，以穆哈默德中校為首的北方軍人發動了政變，殺死了伊龍西和一些來自東部的軍官，用北方人取代，並選擇了時年31歲的中校戈翁出任軍政府的首腦。雖然戈翁確實來自於北方，但他信奉的卻是基督教，不同於北方大多數人口信奉的伊斯蘭教。對於戈翁而言，這有點天上掉餡餅的感覺，作為一名軍人，他沒有任何的參政經驗，也沒有參與這次政變。自然，戈翁一上臺，就廢除了伊龍西的廢除聯邦政府的法令。
這次政變僅在北方和西部取得成功，在東部，試圖政變的北方軍官被伊博人的軍政府鎮壓。東部軍政府的負責人是曾經在牛津大學取得歷史碩士學位的伊博人奧朱古中校，奧朱古正式宣佈拒絕承認戈翁的統治，實質上把尼日利亞分成了兩半。
這次政變還導致了北方人對東部人的大清洗，無數在北方居住的伊博人被殺，東部人開始大逃亡。到年底，至少100萬在各地的東部人逃回了東部。這一切都加深了伊博人對北方人的仇恨，正式獨立的呼聲越來越強。與此同時，奧朱古開始清理東部的政府，政府和軍隊裡面所有的非東部人都被開除，開始完善整套管理體制，訓練自己的軍官，自己開始購買武器。
拒絕了戈翁政府的條件後，奧朱古開始為正式獨立造勢，把北方對伊博人的清洗當成了宣傳重點。大清洗中的死亡人數，一開始宣佈的是七千人，然後這個數字越來越高，最終高達五萬。經過將近一年的準備，1967年5月30日，奧朱古宣佈成立比夫拉政府，正式獨立。這個新的非洲國家得到了海地、坦桑尼亞、科特迪瓦，和贊比亞的承認。
1967年7月6日，穆哈默德中校率領的聯邦政府第一師就從北方進入比拉法拉，內戰正式開始。比拉法拉政府從一開始就處於劣勢，在短短的一週內就接連失去了好幾個城市。到十月份，北方軍隊已經從北方進入到了伊博人的核心區域，佔領了比夫拉的首都。到1968年六月，聯邦軍隊已經控制了比夫拉百分之九十的地區，完成了對東部軍隊的包圍，斷絕了比夫拉與外界的陸路聯繫。
現在奧朱古政府的日子就很難過了。油田沒有了，交通斷絕了，人們缺乏最基本的生活物資，食品也不夠，饑荒遍地。不過，奧朱古畢竟是受過西方教育的，知道利用輿論，於是奧朱古便在歐美國家裡瘋狂進行宣傳，聲稱尼日利亞聯邦政府在利用飢餓政策和比夫拉作戰，比夫拉難民營裡面的悲慘狀況，被奧朱古放大了多少倍的在歐美宣傳。沒過多久，尼日利亞聯邦政府就成了種族屠殺的凶手。很快，大批西方援助抵達比夫拉，武器裝備也源源不斷，也有很多志願者前來幫助。
在這群志願者裡面，最有名的應該是法國醫生庫什內，庫什內作為法國紅十字會組織的志願者達到比夫拉，在工作期間，見到了市民被屠殺，感受了難民們的飢餓，特別是瘦成皮包骨的孩子給了他很大的衝擊。回到法國後，庫什內決定自己組織一群醫生來進行國際援助，這就是醫生無國界組織的起源。
事實上，造成平民大饑荒的元凶，正是奧朱古自己。奧朱古為了保證軍隊的糧食供應，囤積了大量的糧食，拒絕發給平民，海外的許多援助資金，也都被奧朱古換成了其他物資，特別是武器。現在，這些救援救活了奧朱古政府，為了保持西方的援助，奧朱古拒絕了開闢人道主義通道、解救比夫拉難民的建議。難民已經成了奧朱古重要的反抗武器，日子自然越艱苦越好。1969年6月，比夫拉軍隊開始反擊，進行了一些空襲。不過這些騷擾並沒有給聯邦軍隊帶來太大的損失，這同時也是比夫拉軍隊的最後反擊。
到了1969年10月的時候，奧朱古要求聯合國干涉停火，戈翁則要求奧朱古投降。1969年12月底，聯邦軍隊發起了總攻，1970年1月初，聯邦軍隊又連續攻佔兩個比夫拉城市。見到大勢已去，奧朱古流亡到科特迪瓦，1月13日，比夫拉的最後一支部隊投降。這場持續了兩年半時間的內戰終於結束。據戰後統計，戰爭可能導致多達300萬人失去生命，絕大多數分死於疾病和飢餓。
內戰使得尼日利亞迅速擴充了軍隊，極大的充實了戈翁的影響力，穩固了戈翁在軍隊內部的基礎。恢復了和平的尼日利亞開始享受大量石油外匯收入的好處，政府的腐敗也迅速恢復到了原來的水平。但是老毛病依然還在，部族衝突和宗教衝突仍然不斷。尼日利亞這個非洲大陸上的人口大國，獨立時受教育人口最多的國家，至今仍然看不到崛起的希望。