1644年是風雲變幻的一年，先是北京城破崇禎皇帝自殺，接著李自成兵敗匆忙逃出北京，最後由滿清皇帝坐上紫禁城龍椅，當時能左右政權變化的，除了軍事武力外，還有看不見的病菌，也就是明末鼠疫，正是因為這場規模浩大的瘟疫加速了王朝的更替。
今天我們看待這段歷史，明朝滅亡的原因是腐朽到了極點，如果放大細節認真分析，就會發現很多未知的困擾，比如李自成兵快打到北京，崇禎為什麼不逃往南京？李自成兵臨城下時，為什麼重兵把守的北京城不戰就失守了？為什麼李自成軍隊進京後戰鬥力迅速下降了？李自成進北京僅42天逃離，真是因為驕傲兵敗嗎？
除了大的政治形勢決定變化外，現代醫學人與考古人已經考證出，當時的國內特別是北方地區出現了大量的瘟疫，也就是鼠疫，對政治走向也起到了決定性作用。其實從萬曆開始，明朝大地頻繁發生自然災害，有天旱、鼠疫和禍亂等，《明季北略》有大篇幅詳細記載，到了1640年崇禎末期，更是爆發了空前絕後的大鼠疫，《潞安府志》記載，一巷百餘家，無一家倖免，一門數十口，無一口僅存！
本來李自成和皇太極已經兩面夾擊崇禎，明朝危在旦夕，這時在北京周邊出現的大鼠疫又肆掠橫生，這場鼠疫造成了20多萬人死亡，在北京、天津、河北、山西地區，鼠疫到處蔓延，從《花村談往》記載的發病症狀來看，大量描述為咽喉瘟腫，屬於腺鼠疫傳染，雖然入冬後疫情有所減緩，但到了開春後再次更瘋狂的復發，腺鼠疫也轉為肺鼠疫，北京城人口死亡率佔到40%。
圖為抗戰時期，湖南沅陵地區預防鼠疫宣傳畫。
1644年，崇禎皇帝完全可以去南京或者讓太子去南京，以合法的身份繼續大明王朝，江南又是最富庶的地方，可迅速建立政權中心，看著北方李自成和皇太極坐山觀虎鬥，結果是崇禎沒有離開紫禁城，他兒子也沒離開，可以解釋的是崇禎相信明軍能守得住北京城，因為明朝曾多次敵軍打到過北京城，都沒有攻陷，北京城固若金湯，吳三桂也正趕來路上，但他想錯了，此時的北京城正受著鼠疫的肆掠，街上已冷清，名義上守軍10多萬，但大多已患病，《明史》記載，鞭一人起，一人復臥如故，等於說身體都虛弱的站不起來了，北京城牆上三個垛口才有一個士兵守衛，等崇禎召集百官時，已經是希拉幾人前來，到了孤家寡人的地步，由於崇禎性格剛愎自用，聽喜不聽憂，到死都不知道瘟疫如此嚴重，就算知道也是官員輕描淡寫。
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