崇禎三年（1930年），當袁崇煥在京城的菜市口被凌遲處死，不知道袁崇煥想沒想到罪名裡面有一條是擅殺毛文龍。
天啟七年（1627年），十八歲登基的崇禎帝召見袁崇煥，袁崇煥慷慨陳詞，大膽聲稱自己可以五年復遼，崇禎帝聽後十分高興任命其為兵部尚書兼任右副都御史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務，官居三品，並且賜予尚方寶劍，目的只有一個：五年復遼！雄赳赳氣昂昂開赴遼東前線。
結果，崇禎二年（1629年），袁崇煥的部隊發生譁變，理想很豐滿，現實很骨感，你連軍隊都管理不好，怎麼跟後金打仗。士兵為什麼譁變，因為總不發軍餉，於是袁崇煥開始整頓軍務，決定從毛文龍下手，並且給上報（打小報告）朝廷，說東江鎮的毛文龍耗費的錢糧太大，要求管理毛文龍部的軍餉，毛文龍當然不會喜歡有文官監製自己，於是拒絕，而後毛文龍來拜見袁崇煥，袁崇煥以上賓之禮接待毛文龍，毛文龍也不謙讓，袁崇煥於是決定殺掉毛文龍。
同年五月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設宴與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍沒有覺察到袁崇煥的來意。袁崇煥提議更改軍營制度，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不高興，袁崇煥用回鄉來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意思，但只有我知曉遼東的事務，遼東的事情解決後，朝鮮衰弱，可以襲擊佔有。”袁崇煥對毛文龍的回答感到不高興。
而後袁崇煥邀請毛文龍觀看將士射箭，預先在山上設置好帳篷，令參將謝尚政等率兵埋伏在帳外。毛文龍到了之後，他的部下沒能入內。
袁崇煥接著和毛文龍說了幾件他違法做的事，毛文龍與其爭辯，袁崇煥厲聲斥責毛文龍，下令將毛文龍的冠服去除並捆綁起來，毛文龍表示不服，袁崇煥於是列數毛文龍的十二條罪狀，拿出尚方寶劍，將毛文龍斬殺。
這就是袁崇煥殺毛文龍的過程，前因是袁崇煥懷疑毛文龍通敵，並且不計後果誅殺了毛文龍。
在這裡要說明一下，袁崇煥雖然在軍事職能可以指揮調動毛文龍，但是袁崇煥此時官居三品，而毛文龍官居二品，袁崇煥有尚方寶劍，但是毛文龍也有尚方寶劍，所以說，袁崇煥不經朝廷准許，直接殺毛文華即使有尚方寶劍代行皇權，表面看沒毛病，但是依然觸犯了皇帝和朝廷的底線，給你尚方寶劍是殺佞臣的，然而你殺毛文龍只是因為懷疑毛文龍叛變。
毛文龍會叛變嗎
毛文龍身為明朝二品大員，手持尚方寶劍，皮島擁兵自重，可以說，在明朝的行政體系裡面算一個異類了，然而朝廷給毛文龍的任務是什麼，牽制後金後方，說白了，就是後金一旦全軍出動，你就可以直殺他老巢，如果他不出動，你愛動彈就去遼東半島搶掠一番，你不愛動彈就在島上待著，朝廷給你拿錢，供你吃喝！沒有重要的軍事任務，不負責打殘酷的攻堅戰，但是，只要一打仗不管勝敗，你都有功，在軍事體系中這樣超然的地位，誰會去叛變！為什麼毛文龍有這樣的戰略作用，後金政權不消滅他，因為皮島是一個島，而後金不擅長水戰，拿他沒辦法！這就是戰略意義，李逵水裡遇張順，啥招沒有！
假如毛文龍真的投降後金有什麼好處，沒有任何好處，因為皮島對後金來說只能起到壓制自己的作用，並不能取到反擊明軍的作用，而且後金政權能出的起的價錢，根本不會有明朝多！
那麼袁崇煥為什麼殺毛文龍呢？
其實，主要還是袁崇煥個人因素佔主導。
袁崇煥有兩句話特別出名，第一句引起上層的注意是說：給我足夠搶糧兵馬，我一個就可以鎮守山海關！（給我百萬雄師，我也能滅了努爾哈赤）。第二句話引起了崇禎的稱讚：五年復遼！
從這兩句話能夠看出來，袁崇煥特別自信，認為自己具有特別高的軍事才能，但是，第一次和毛文龍的接觸並不愉快，袁崇煥按官品來說跟毛文龍客套了一下，讓毛文龍上座，毛文龍沒推辭就坐了，然袁崇煥心裡不爽。
再看袁崇煥從政的履歷，袁崇煥剛到遼東，遼東經略王在晉作為袁崇煥的上司，對袁崇煥很照顧，但是由於政見不和，越級向上面彙報。寧遠大捷後居功自傲，和同僚滿桂不和，跟中央請求調走滿桂，經略王之臣給滿桂求情，袁崇煥就和王之臣鬧彆扭，朝廷沒辦法就把王之臣調走了。通過這兩件事，可以看出，袁崇煥這個在處理個人關係時，往往公私不分，做屬下時不能替領導解憂，做同僚時，一旦政見不和就排擠對方，而當袁崇煥做領導時，屬下毛文龍不聽調遣，於是就痛下殺手。
袁崇煥還有一個致命的缺點就是愛耍小性子，寧遠大戰前，孫承宗被罷免，新任領導改變了對遼戰略，袁崇煥不但不聽從調遣，堅持駐守寧遠，還請求回家為父守喪，這是第一次辭職。寧錦大捷後，袁崇煥官升一級，因為不滿所以“憤而辭官”。在和毛文龍的多次商討無果，毛文龍根本不吃袁崇煥那套後，袁崇煥因而“憤而殺人”，也就可以理解了。
誅殺毛文龍的結果是慘痛的
短期來看，毛文龍死後的第三個月，沒有後方牽制的皇太極率軍繞過山海關，直抵京畿，是為己巳之變。
長期來看，毛文龍的部下，最終失去主帥，後來選擇投降後金，其中有孔有德，耿仲明，成為打擊明王朝的悍將。
戰略上來看，後金政權從此無後顧之憂。