引發起全面衝突的，是關於徐階主持起草《嘉靖遺詔》的過程，以及對《嘉靖遺詔》部分內容的理解和評價。
關於《嘉靖遺詔》製作過程的曲折，以王世貞的敘述為最詳細，言：
上大漸，遂崩。當大漸時，階念上英斷類高祖，獨齋醮、土木、珠寶、織作不已，民力小困。而一時抗言廷諍得罪者，雖其志若已伸，而未牽復，欲自登極詔發之，不能無疑於改父，而上克終之德未光。時門人張居正為學士，方授經裕邸，夜召與謀，具遺詔草，不以語同列。質明，謁王請入臨畢，遂以詔草上，報可。詔下，朝野舉手相賀，至有喜極而慟者；同列惘惘若失。
王氏這一段記載，說明了四點：第一，《遺詔》是在嘉靖嚥氣以前，即已進行認真醞釀的；第二，《遺詔》論點的推敲成熟，是徐階和當時身份僅為翰林學士的張居正連夜祕密商定並起草成文的；第三，《遺詔》受到朝野的普遍歡迎；第四，起草並頒佈如此重要的文告，未按一般程序通過閣議，反而將閣僚們完全排斥在外，及至詔下，他們才知道一切已成定局，難免“惘惘若失”。
問題主要出在第四點上，它導致內閣閣僚之間公開的分裂，並極大地激化了徐階與高拱、郭樸之間的矛盾。
公平地說，借嘉靖去世的時機，公開否定了已為禍數十年的亂政，是順時勢合人心的，也為隆慶御位鋪墊好政治基礎。《嘉靖遺詔》受到全國普遍的歡迎接受，就足以證明此點。徐階之所以在極祕密的方式下醞釀和完成起草工作，在當時也是有其必要的。因為遺詔的內容，無異是採取特殊的方式對嘉靖進行“鞭屍”，稍一不慎，或者得不到隆慶的理解和同意，說不定會被扣上“大不敬”的罪名，罹上無妄之災。茲事體大，通過閣議，一則難以立時取得共識，二則亦害怕洩露於外，徒增混亂。但另一方面，在閣僚之中，雖然李春芳一向唯徐階的馬首是瞻，陳以勤為人淡泊謙退，對頒佈《嘉靖遺詔》的內容和方式都未有異言，但對性格驕亢、自視甚高而且自尊心極強的高拱，以及性格倔強的郭樸，反映就大有不同了。遺詔剛頒下，“同列皆惘惘若失，而樸尤椎，時語人：‘徐公謗先帝，可斬也。’拱亦與相應和。”
高拱和郭樸相交甚密，在內閣中本來就與徐階的關係比較疏遠，對徐“於禮稍倨”，加以“兩人皆河南，為鄉曲。而拱以樸早貴，事推之；樸念拱侍經裕邸，冀得其力。兩人相與歡甚，階微聞之，不懌”。因早有隔閡，又經胡應嘉的挑動，遂借遺詔問題大造文章：
龍馭上賓，華亭公於袖中出草詔，欲以遺命盡反先政。公（指高拱）謂語太峻，與安陽公（指郭樸，河南安陽人）對案相向，曰：“先帝英主，四十五年所行非盡不善也。上，親子，非他人也。三十登庸，非幼小也。乃明於上前揚先帝之罪以示天下，如先帝何？且醮事先帝幾欲止矣。紫皇殿事誰為之？土木之事，一丈一尺皆彼父子視方略，而盡為先帝罪乎？詭隨於生前，而詆詈於身後，吾不忍也。”相視淚下，語稍聞外廷，而忌者側目矣。
高拱這一番言論當然有很濃厚意氣用事的因素在。為嘉靖開脫，從兩代皇帝父子親誼立論，用以貶斥遺詔，都是與絕大多數人的意願違忤的。嘉靖的所作所為，實已達到了千夫所指、偕汝俱亡的地步。高拱未嘗不知道這一點。項莊舞劍，意在沛公。其所有帶煽動性的言詞，實在鋒刃所向，都是指向遺詔的作者徐階。果然，翻出徐階前此順承嘉靖，積極參與贊玄拜醮修殿等事，加以“詭隨於生前，而詆詈於身後”的惡名，無非是舊怨新憤的集中傾瀉，是意圖作為倒徐的一步驟。戰端因此而擴大，閣內矛盾已公開暴露於朝臣之前，徐高關係亦到了水火不相容的地步。遺詔問題引發的鬥爭一直延續到隆慶朝後期，貫徹在徐高鬥爭的全過程中。
徐階是富有內戰經驗的高手，他當然不能容忍閣內存在著高拱和郭樸聯合組成的公然對立的勢力。當此兩方已劍拔弩張之際，徐階仍釆取靜以制動、後發制人的戰略，部署言官以充前陣，選擇有利時機予以反擊。當時，朝中和閣內出現的許多問題，都帶有徐高相峙對抗的敏感氣氛。時在隆慶元年（1567）元月辛巳，又爆發一場更火熾的鬥爭，竟導致高拱被迫辭官，其過程是：
都給事中胡應嘉以數言得用，轉橫。而會吏部、都察院考察庶僚，應嘉亦參與焉。既得旨，復論救給事中鄭欽、胡維新。非故事，於法當罰懲。而階時已示公同列，使輪直筆而己酌之。時郭樸當執筆，曰：“應嘉小臣也，上甫即位而敢越法，無人臣禮，宜削籍。”階度樸為拱報仇，而傍睨拱，則已怒目攘臂，乃不復言，而削應嘉籍為編氓。命既下，諸給事、御史合疏請留應嘉，其語有所侵擿。階乃與春芳等具疏謂：“應嘉論救考察非法，所以擬斥；給事、御史謂上初即位，宜開言路，廣德意，所以請留。臣等欲守前說，則涉違眾而無以彰陛下恩；欲從後奏，則涉狥人而不能持陛下法，因兩擬去留以請。”中旨薄應嘉罪，調外。而當階具疏時，拱故不言，而目屬郭樸復力持之，幾失色。於是言路意應嘉謫出拱指，群上疏攻之。上以拱輔臣，且故嘗受經，不聽。歸而言路益攻之不已。拱恚甚，……乘忿抗疏至與言者辯，而交相詈。
在對胡應嘉的處分應輕應重的問題上，高郭不避嫌疑而感情用事，恰好是示人以隙，集眾怒於己身；徐階則反其道而行之，乘敵之隙，再巧為運用，直將高拱推於爐火之上，本人隱居第二線，而默許言官輩勇襲猛擊，坐收戰果。談遷敏銳地看出此中機括，從雙方的攻防戰略中透視出潛在的實質，此大師之獨具史眼也。他說：
上甫即位，遽譴言路，何以杜將來之口？安陽不解事，其右新鄭，適所以喙之也。華亭元宰，初不出一語，陰餌拱於叢棘之上，誠智老而猾矣。
果然，內訌越深入，徐階借重言官以為前鋒的策略收到越來越大的效果，而高、郭則陷入被動的劣勢亦越加明顯。當高拱看出此點，為時已晚，他曾“大怒，面訾階結言路必逐己而後快”，徐階“遂引疾不視事，四上疏乞骸骨”以為反制。適於此時，高拱的門生御史齊康袒高攻徐，更激起眾言官的憤怒，紛紛上疏要求罷斥高拱。兵科都給事中歐陽一敬、工科給事中李貞元、南京吏科給事中岑用賓、南京廣東道御史李復聘、湖廣道御史尹校等都口徑一致，指高拱“專擅國柄”、“剛愎褊急”、“反指言官為黨”，等等，“九卿大臣、南北科道紛然劾拱，甚者稱為大凶惡。寺丞何以尚請劍誅拱”。在密集攻擊之下，高拱只得亦引疾求退。高退，徐階才復出視事，算是在本階段中暫勝了一回合。但其中尚埋藏有局勢發生反覆的危機：
穆考初政，新鄭以藩邸之舊，即欲自用，華亭積不堪，因百計逐之。自太宰楊公（指吏部尚書楊博）、御史大夫王公（指都察院左都御史王廷）及六官之長各率其屬上疏，至臺省庶官交章論奏，凡二十八疏，大略保華亭之功，劾新鄭之罪，以為不可一日使處朝廷。穆考甚眷新鄭，及見論者甚眾，不得已策罷之。
從能糾合百官而且發動凌厲攻勢，可見徐階在隆慶朝最初期仍擁有極其強大的政治能量。驅斥高拱之後不久，又迫使郭樸請辭。但是徐階未能改變隆慶對高拱的長遠情誼和好感，相反，他本人與隆慶的關係卻迅速逆轉，這就為徐階的暫勝而終歸覆敗，高拱的暫敗而終將再起留下伏筆。
時人對於高拱驕亢任意氣，是多有非議的，但與此同時，對於徐階拉攏言官，製造輿論以醜詆並驅斥政敵的做法，亦有人“頗以階為甚”。另有人則說：“拱清潔峭直，家如寒士，而言者過為掊擊，則言者之過也。”
世事如棋。徐階以及附徐倒高的官僚們萬萬沒有想到，當倒高驅郭的勝利歡呼聲猶在耳際，徐階本人即面臨不得不“自請休致”的困境。
造成這樣的形勢逆轉，有三方面的主要原因：
首先是徐階與隆慶皇帝的關係逐漸惡化，寵信度逐步減低。照說，徐階在嘉靖時期一貫維護朱載垕的皇儲地位，在嘉靖去世後，又及時推出遺詔以扭轉局勢，穩定了政局，為隆慶朝的肇始奠定初基，他與隆慶皇帝的關係理應融煦無間，其首輔地位理應十分穩固。但，事實並不完全這樣。
徐文貞在世廟中得旨多溫，穆廟中得旨多咈，固緣老臣執奏，動忤聖懷，亦時異勢殊，無盛筵不散之理。
黃景昉氏對於隆慶與徐階君臣關係惡轉的觀察，基本上是符合實際的。當時，在隆慶面前，有兩股強大的勢力在相持相爭，即言官與宦官。徐階是明顯站在言官方面而力主壓抑宦官勢力的，被視為言官們的政治後臺，“給事、御史多起廢籍，恃階而強，言多過激，帝不能堪”，“事無大小，好與上強爭”。而對隆慶縱容宦官，重用他們坐團營、掌兵權、修內校場諸事，徐階更是連續親自上疏與科道們相呼應。試翻閱徐的文集，從隆慶元年（1567）二三月間開始，徐階即上過《請允科道止幸舊邸疏》、《請允科道奏開講讀疏》、《進擬科道諫止內臣坐營票帖》、《請允御史奏止內教場操練疏》等直接支持科道官的奏議；他還密集上過諸如《止建壽宮》《止上幸海子》《止駕詣天壽山》《論太和山提督內臣敕書》《進修省等傳帖》等本章。“階所持諍，多宮禁事，行者十八九，中官多側目”。應該說，從治政之道來說，徐階及科道們厚愛於新君，熱盼他切勿從另一角度再蹈先皇的覆轍，符合“臣死諫”之義。徐階以“國師”自居，一反其在嘉靖朝柔軟曲從之態，本以為在隆慶朝可以從正面上致君澤民，本以為可以得到新皇帝支持，“圖議國事，稍更弦轍，以新上治理”。但是，他既未正確估計自己的實在影響力，更沒有真正從實質上理解隆慶其人，隆慶奇懶、多欲、拒諫、任性，對他這個“先朝元輔，國之大老”，也同樣容不得有任何違忤的意見和言詞。隆慶元年（1567）七月，“諭內閣，以科道欺肆，宜處之”，實際上是要對科道門進行整肅，經徐階婉轉勸止；九月，徐階又支持科道諫阻內官坐團營，惹得隆慶大怒，一改平時樂於“倦勤”，懶於批答章奏的習慣，竟然為此事手諭內閣，實質上是質問徐階：
朕著內臣坐營，科道官也說，你每也這等說，怎麼主意不遵，你每說來。
在君臣關係陷於如此尷尬的低潮之下，在格君無術的苦惱中，徐階只好再三“乞休”。值得注意的是，對於年資深、聲望重且在嘉隆之交作出過重大貢獻的徐階，隆慶在批准他退休時，還故意貶低其待遇，僅“賜馳驛”；經李春芳等力請“加恩”，才答應年賜夫廩，發一璽書以褒美，勉強保留著形式上的禮遇。為嘉隆父子兩代竭智盡力效勞了四十餘年的徐階，只好黯然南歸了。
其次，徐階之不得不退出政壇，還由於他的施政理念，所奉行的方針綱領，已經不能滿足嘉隆交替之際時勢發展的需要。
當時的形勢是極其嚴峻的，“士習人情，漸落晚宋窠臼”，“奈何人心玩愒已久，溺於故常”。以言民生，則“天下吏貪將弱，民不聊生，水旱靡時，盜賊滋熾”，“賦役增常”，“室如懸磬”。以言邊防，則新帝登基的賀儀甫畢，而在隆慶元年夏秋，北虜俺答部即揮軍直薄大同、井坪、朔州、雁門，“邊軍俱釁”，“諸將不扼險”，“相望不敢前”，遂至石州陷落，“男女死者數萬人”。閩浙沿海，倭寇亦來擾不斷。以言財政，戶部尚書馬森奏報，北南直隸、山東、浙江，倶有抗糧騷動。故當時的狀況是，亂象已成，而亂機尚未大露；民間亂心已起，而亂人未首倡。火焰四起，僅是尚未燎原而已。處此內外交困、危機四伏之局，任何抱殘守缺，因循舊制舊法，是絕不可能轉危為安，化弱為強的。必須大破大立，才可能革故鼎新，開拓新局。正如張居正說的，“若不稍加改易，恐無以新天下之耳目”。又必須如高拱所主張的，“有能自立而脫去舊習者，必賞必進；其仍舊習者，必罰必退”。惟有立足於變，著手於改，才有可能將已瀕於垂危的明政權搶救過來，使已面臨崩潰的社會回覆穩定。而改制變法以緩解危局的想法和做法，正是徐階所欠缺的。
不同的歷史階段召喚不同的代表性人物。不同的文化背景、政治經歷，哺養出性格懸殊，政治取向迥異的人物。
徐階與高拱、張居正之間，正是存在這樣重大的差異。
徐階以其特具的忍耐和深沉，擅長謀略算計，成功地扳倒了一度權勢熏天的嚴嵩；又在嘉靖末期，精心委曲調劑，處理好與昏憒疑猜的皇帝，門戶紛立的朝臣，以及懷有各種見解，恃言論以干政的科道官們的關係；他以溫和寬鬆化解暴戾；高舉祖宗的神幡，以恢復舊制舊法、保存善類為號召，著手改變嘉靖毫無章法可循的荒唐怪誕做法，確曾收到過較好的效果，一時邀得盛譽，被目為“良相”，受到普遍的讚揚。因為“祖宗成法”，總比正德、嘉靖以來的無法無天為好。人們在輾轉呻吟於暴虐統治之時，往往會對舊日的相對安定，產生出過分的戀棧和嚮往，甚至給予美化，而淡忘了前人在昔日的苦辛。在較壞與更壞之間，人們往往會樂於選擇前者。
但是，轉入隆慶時期，徐階已經絕無能力再朝前邁步了。
這並不是說徐階沒有憂危意識，不是的。讓徐階憂心忡忡之處是很多的，但卻是較集中在新皇帝是否能恪遵帝範懿德，是否能恢宏前徽，追紹二祖之功業，即熱切要求皇上能循規蹈矩，勉力作為傳說中的堯舜之君。上文引述他在隆慶初政短短的一年多時間內，連續上了不下十多篇勸諫疏文，即充分證明了這一點。問題不在於是否應連續上諫以忤犯皇帝威嚴，而在於他乞休得准以前，在其言行活動中仍然是緊守著恢復祖宗成憲的老套子。《世經堂集》基本上沒有倡議或同意進行改革的內容。時代多變，歷史的行進急劇迅速，即使在隆慶元年、二年，要求追理屯牧佔田，要求均平賦役，要求開海運、開新河、革漕弊，甚至要求“大破常格”以整頓邊防，不惜改易邊疆將帥，懲貪獎廉以嚴伸紀律等等的呼聲已不絕如縷。在長期禁制之後，各種主張改革的聲音，正如開閘洩洪，洶湧而出。在當時，善改則興，善革則進，善變則存，已經蔚然成為不可抗拒的潮流，而作為朝中大老的徐階，卻是對此反應遲鈍，他對時代的呼聲先是茫然，後是愕然，甚至還有反感。大浪淘沙，不進則沉。故此，他的被擠出內閣、淡出政壇又是無可避免的。
再次，徐階在隆慶二年（1568）七月被罷職，顯然也與前一年五月驅高的餘焰復燃有關。
當年徐階藉手科道迫高自退，高拱的支持者並不懾服。而且積怨所在，一旦氣溫變化，便會發出轟隆巨震。有人看到徐階的帝眷漸衰，上言多未被採納，便發難反擊：
戶科左給事中張齊上疏劾大學士徐階不職狀，其略言：階事世宗皇帝十八年，神仙土木皆階所贊成。乃世宗崩，乃手草遺詔，歷數其過。階與嚴嵩處十五年，締交連姻，曾無一言相忤，及嚴氏敗，卒背而攻之。階為人臣不忠，與人交不信，大節已久虧矣。比者，各邊告急，皇上屢廑宣諭，階略不省聞，惟務養交固寵，擅作威福，天下惟知有階，不知有陛下，臣謹昧死以聞。
張齊之言，不啻是高拱言論的另一版本，在內容上顯然有羅織之處，因為徐階在嘉靖末年屈順逆鱗之君，敷衍嚴嵩以圖後發制敵，其中委曲，已獲大多數人的諒解。但翻出這些陳賬，其中亦有觸及徐階隱痛之處。對一些不明真相的人，亦頗具煽動力。把這些事件再公開於朝堂，對徐階當然亦具一定的傷害力。隆慶雖然駁回了張齊的劾疏，並給以薄懲，調外任用，但張齊之劾徐，對於隆慶卻是正中下懷，因為它可以促使徐階的堅決求去，亦便於自己順水推舟，批准徐階罷職退休。果然，不幾天，恩准徐階馳驛回籍的諭旨便頒發下來了。
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