元末農民大起義，南方勢力以陳友諒，朱元璋，張士誠三家勢力最大。其中陳友諒的水師又是最強大的。鄱陽湖一戰朱元璋險些被打死，虧得劉伯溫神機妙算，周顛，常遇春等勇猛作戰。且天不佑漢，陳友諒被亂箭射死，陳軍大亂。朱元璋趁機大舉進攻，僥倖得勝，俘獲陳友諒的水師。
陳友諒的水師主力戰艦是加強版的艨艟鉅艦。樓船、蒙衝、鬥艦、海鶻、走舸、遊艇等應有盡有，這支水師付出了陳友諒的巨大心血。鄱陽湖戰後，朱元璋獲得陳友諒的水師實力大增。陳友諒的水師也成了大明的主力水師。
在明成祖時期，明王朝擁有3800艘船，其中1350艘巡船，1350艘戰船，以及駐紮在南京新江口基地的400艘大船和400艘運糧漕船，其中有250艘是遠洋寶船，此外還擁有大量護洋巡江的警戒執法船和傳令船。此時明朝水師是中國古代史上乃至世界古代史上最強大的艦隊，鄭和下西洋時：“及臨外邦，番王之不恭者，生擒之；蠻寇之侵掠者，剿滅之。”，其時萬邦來朝，四海賓服，大揚大明國威。
16世紀是地理大發現的時代，西方殖民者東來，紛紛掠奪殖民地。
葡萄牙想將澳門納為殖民地，被明朝水師在珠江口海戰中將其重創，使其打消念頭，被迫轉與中國通好。
天啟四年，大明水師在澎湖之戰中，重創荷蘭侵略軍，俘獲荷軍首領高文律，成功收復澎湖列島，捍衛了國家主權，教訓了西方侵略者、殖民者。
崇禎六年，料羅灣海戰是明朝對荷蘭殖民者的自衛反擊戰爭，這次海戰是中國人第一次在海上大敗西方海軍的戰役。此次戰役中，鄭芝龍廣泛吸取西方海軍的先進經驗與技術，組建更為強大的水師，首開東方國家在海戰中擊敗西方殖民國家的先例。
16世紀末，日本發動侵朝戰爭，大明水師在露樑海戰中大敗日本艦隊。此戰之後，日本元氣大傷。在以後的三百年內，日本不敢再窺視中華。
17世紀中葉，鄭成功率軍橫渡臺灣海峽，擊敗荷蘭東印度公司在臺灣的駐軍，收復臺灣。使淪陷了三十幾年的臺灣，重新回到祖國的懷抱。
大明王朝立國近三百年，大明水師未曾遭遇一敗。不論是西方的殖民侵略者，還是東方日本倭寇的侵擾，大明水師都予以迎頭痛擊。戰必克，攻必取，大明水師稱霸世界三百年而無一敗績，創造了世界海軍史上的奇蹟。