中午功課完畢，小皇帝在文華殿進午餐。下半天的大部分時間都可以自由支配，不過他仍然被囑咐要複習功課，練習書法，墨記經史。小皇帝對這種囑咐絲毫不敢忽視，因為第二天必須背誦今天為他所講授的經書和歷史。如果準備充分，背書如銀瓶瀉水，張先生就會頌揚天子的聖明；但如果背得結結巴巴或者讀出別字，張先生也立即會拿出嚴師的身分加以質問，使他無地自容。
在1578年大婚之前，萬曆和慈聖太后同住在乾清宮。太后對皇帝能否克盡厥職和勤奮學習均極為關懷，皇帝的其他行動也經常得到他的指導。至於馮保，當萬曆還是皇子的時候就是他的伴侶，提攜捧抱，兢兢業業地細心照護，所以後來才被稱為“大伴”。到這時候，馮寶已經擢升為司禮監太監，也就是宮內職位最高的宦官。他經常向慈聖太后報告宮內外、包括皇帝本人的各種情況，慈聖因此而能耳目靈通，萬曆卻因此而漸生畏懼。因為慈聖太后轎子極為嚴格，如果大伴作出對皇帝不利的報告，太后一怒之下，皇帝就會受到長跪的處罰，有時竟可達幾個小時之久。
在這樣嚴厲的督導之下，萬曆的學習不斷取得進步。他被教導說，做皇帝的最為重要的任務是敬天法祖，也就是敬重天道，效法祖宗。這種諄諄的教導在萬曆身上起到的作用很快就為一件事情所證明。當他登極還不滿四個月，有剋星出於閣道旁，其大如盞，光芒燭地。這顆被今天的天文學家稱為Supernova或Anno1572的出現，在當時被人們看成是上天將要降災的警告。按照張先生的教導，萬曆趕緊檢討自己的思想、語言和行動，加以改正，以期消除天心的不快。這次“星變”延續了兩年之久，皇帝的“修省”也就相應地歷時兩年，並且在今後相當長的時間內，他不得不注意節儉，勤勉誠懇地處理政務和待人接物，力求通過自己努力化凶為吉。
學習的進步更加突出的體現在書法上。慈聖太后和大伴馮保都是書法愛好者，他們對皇帝在這方面的進步時時加以鼓勵。萬里年方10歲，就能書寫徑尺以上的大字。有一次，他讓張居正和其他大學士觀看他評秉筆揮毫，寫完以後就賞賜給了這些大臣。張居正謝恩領受，但在第二天他就啟奏皇帝：陛下的書法已經取得很大的成就，現在已經不宜在這上面花費過多的精力，因為書法總是末節小技。自古以來的聖君明主以德行治理天下，藝術的精湛，對蒼生並無補益。像漢成帝、梁元帝、陳後主、隋煬帝和宋徽宗、寧宗，他們都是大音樂家，畫家、詩人和詞人，只因為他們沉湎在藝術之中，以致朝政不修，有的還身受亡國的慘禍。對於這忠心耿耿的進諫，小皇帝自然只能聽從。在1578年之後，他的日課之中就取消了書法而只留下了經史。