他既為皇帝，在他的世界裡沒有人和他平等。在兩位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有兩個：一個是張居正張先生，另一個是“大伴”馮保。這種觀念，不消說是來自皇太后那裡。張、馮兩人結合在一起，對今後的政治形勢產生了相當深遠的影響。這一點，自然也不是當時不滿10歲的萬曆皇帝所能理解的。
張居正似乎永遠是智慧的象徵。他眉目軒朗，長鬚，而且注意修飾，袍服每天都像嶄新的一樣摺痕分明。他的心智也完全和儀表相一致。他不開口則已，一開口就能揭出事情的要害，言辭簡短準確，使人無可置疑，頗合於中國古語所謂“夫人不嚴，言必有中”。
萬曆和他的兩位母親對張居正有特殊的尊重，並稱之為“元輔張先生”，其原因說來話長。在隆慶皇帝去世的時候，高拱是當時的“首揆”，即首席內閣大學士。高拱自以為是先皇的元老重臣，不把新皇帝放在眼裡。新皇帝有事派人詢問高拱的意見，他竟敢肆無忌憚地對使者說：你自稱奉了聖旨，我說這是一個不滿10歲的小孩的話。你難道能讓我相信他真能管理天下大事嗎？在他的眼裡，天子不過是小孩子，太后不過是婦道人家，這種狂妄跋扈是和人臣的身分決不能相容的。幸而上天保佑，還有忠臣張居正在，他立即獻上奇計，建議採取斷然措施解決高拱。1572年夏，有一天百官奉召在宮門前集合。一個宦官手執黃紙文書，這是兩位太后的懿旨，也是新皇帝的聖旨。黃紙文書一經宣讀完畢，跪在前列的高拱不禁神色大變。他已經被篪去官銜職位，並被勒令即日出京，遣返原籍。按照慣例，他從此就在原籍地方官的監視之下，終身不得離境。張居正在艱危之際保障了皇室的安全，建立了如此的勳殊，其取高拱而代之自屬理所當然。
除了首揆以外，張居正又監管萬曆的教育事物。小皇帝的五個主講經史的老師、兩個教書法的老師和一個侍讀，都是他一手任命的。他還編訂了講章作為萬曆的教科書，有機會還親自講授。