南明（1644年—1683年）是明朝京師順天府失陷後，由明朝宗室在南方建立的若干政權，歷經四帝一監國。
崇禎十七年（1644年）李自成起義軍攻佔北京，崇禎帝朱由檢在煤山自縊。清軍入主中原，明朝宗室及文武大臣大多逃亡南方，還據有淮河以南的半壁江山抵抗清兵，包括弘光政權、魯王監國、隆武政權、紹武政權、永曆政權及明鄭時期。
崇禎十七年（1644 年）三月，李自成進入北京。這時大順軍勢力已東至魯豫，南跨荊楚，西迄秦隴，北抵燕晉，整個北方几乎皆為其所有。南明只控制了江淮、江南和西南大部分地區。 [48] 而在西邊的四川， 此時張獻忠領導的另一支農民軍正屯兵萬縣， 準備向成都進發。
崇禎十七年（1644 年）四月二十二日，大順軍被吳三桂和清軍擊敗。清軍佔領北京後即出兵追擊， 十月初三， 清軍佔領山西首府太原。
得知李自成被清軍擊敗， 山東河南等地明朝官紳蜂擁而起， 大順軍在這裡的政權紛紛瓦解。而清軍乘虛南下，到1644 年十一月清廷已派遣使者兵卒招撫了畿南﹑山東和河南北部三鎮。而在西南，張獻忠已攻下成都，奪取了四川大部，並在11 月稱帝，建立了大西政權。 [51] 此時的南明控制範圍進一步縮小。
李自成由山西退入陝西后，清軍向陝西進發。1645 年清軍佔領大順軍都城西安。在擊敗大順軍，佔領陝西后，清軍即分兵三路南下江南：多鐸部出潼關， 經歸德向南直趨泗州﹑揚州， 進攻南京； 阿濟格部尾隨李自成已至江西九江， 派遣降清的金聲桓部收取南昌， 然後順江東下，與多鐸部會師蕪湖； 原駐山東的固山額真準塔南下徐州，水陸並進，收取淮安﹑南通等江北之地。
清朝大軍已進入江淮地區，南明江北諸鎮面對清朝大軍望風而潰，不降即逃。 揚州、南京紛紛陷落。弘光帝也被俘。1645年六月十四日，清軍不費力佔領杭州，湖州﹑嘉興﹑紹興﹑寧波等地。1645 年，明朝諸臣在福州又擁立唐王朱聿鍵為帝，年號隆武，開始與清朝對抗。
1646 年二月，清朝再派大軍南征， 一舉擊破明軍防線， 攻陷紹興﹑金華﹑定海等浙東之地。但福建的鄭芝龍卻是不戰而降， 八月二十八日，清軍追至汀州， 隆武帝被俘殺。 九月十九日， 清軍進入福州， 鄭成功遂與鄭鴻逵引兵避於中衛所（今廈門）鼓浪嶼。十月，在江西的金聲桓部清軍攻下贛州，江西全境也落入清朝之手。
在西邊的四川， 張獻忠在八月焚燬成都， 棄城而走。 而在西南邊陲，1645 年十二月蒙自土司沙定洲掀起叛亂，奪取雲南首府昆明， 世守雲南的黔國公沐天波被迫逃往楚雄。 至來年二月， 除楚雄以西的整個雲南都歸附了沙定洲。
1646 年十月初十，桂王朱由榔在廣東肇慶繼位監國，這時傳來贛南重鎮陷落的消息，朱由榔逃往廣西梧州，這時 清軍李成棟﹑佟養甲部正迅速由福建向廣東推進，清軍均以布帕包頭，偽稱明軍，偷襲廣州。
1647 年一月，李成棟部清軍西進佔領肇慶，在攻陷梧州後在桂林受挫後退回廣東。此時清軍已北上佔領韶州，渡海佔領瓊州。四月時，廣東十府均淪陷於清軍之手。
清朝派孔有德﹑耿仲明﹑尚可喜由北京南下，徑取湖南，在1647年二月佔領長沙。此後，孔有德又派耿仲明部北上攻常德，尚可喜部西進取攸縣。到年底之時，除湘西部分土司外，湖南全境都被清朝所得。
在西南，1647 年正月，張獻忠被清軍射死，清軍迅速入川。 大西軍餘部在孫可望﹑李定國﹑劉文秀﹑艾能奇四將軍的率領下急速南撤，渡過長江天險，進入貴州，佔領貴陽，途中艾能奇在進攻東川時戰死。豪格統率的清軍追至遵義，因地方殘破荒蕪，糧草不濟，只得由四川撤回北京，只在川北據有保寧一隅之地。
1647年九月，大西軍與沐天波達成協議，決定“共扶明後，恢復江山。 ”至此除沙定洲仍據守蒙自﹑阿迷州，東川土司祿氏仍存觀望外，整個雲南都為大西軍平定。
而在東南沿海，魯監國已被據守東南沿海的鄭彩等人由舟山迎至廈門，1647年七月，趁清軍主力北返，魯監國率部親征福建，一時義軍飆發，遠近響應。至1648 年6 月，南明義軍已一度攻陷福建三府一州二十七縣之地。
1647 年十二月，清軍攻佔全州，打開廣西門戶，1648 年正月， 江西總兵金聲桓在南昌宣佈反清復明， 除廣信﹑贛州二城外， 江西全省皆反清歸明。 清軍已調大軍南下鎮壓。
三月， 甘肅回民將領米喇印﹑丁國棟也發起反清起義， 連克西北各州[58] 又引兵東進，攻破蘭州，聲勢大振，清朝在甘肅統治趨於瓦解。清廷於四五月間，奪回洮州﹑蘭州等地，米喇印戰死。八月，甘州也被清軍包圍。
四月十五日，清兩廣提督李成棟也在廣東宣佈反清歸明。即領兵北攻贛州，後又中計，在贛州城下立足未穩，便遭突擊，被打敗。
在湖南戰場，清軍得知江西反叛退保岳陽，明軍趁機反攻：先後收復常德、辰州、靖州、黎平﹑武岡﹑寶慶等地； 督師閣部何騰蛟收復了全州，進攻永州。十一月，攻下永州，重佔寶慶，清軍不敵，棄衡州而走。長沙府屬十二州縣已被忠貞營攻陷九座，長沙已成孤注。至此，明軍已收復湖南大部，清兵保據長沙﹑岳陽而已。
這年十二月，大同總兵姜瓖也在山西反清，到蒞年四﹑五月，山西除省會太原及平陽外都被複明義軍佔據，反清起義擴展到北方。東南沿海的鄭成功在1648 年四月攻福建同安。
1649 年正月，形式逐步惡化，清軍突襲湘潭，湖南寶慶﹑衡陽﹑靖州等地重新淪陷，廣西門戶全州也失守， 堵胤錫及忠貞營部由湖南郴州撤入廣西南寧。而在江西，清軍已圍困南昌半年，正月十九日城破。
在西北，清軍於正月攻佔甘州，不久又破肅州，丁國棟等人被擒殺。
二月，李成棟再次北上進攻贛州，三月初，明軍在信豐被清軍擊敗，兵潰慌亂之中，李成棟也墜馬溺亡。
二月十五日，繼姜瓖在山西反清後，王永強也在陝西榆林起事， 南下佔領延安，恢復陝北十九個州縣， 秦﹑晉兩省反清勢力已聯成一片。 直到 1650 年十一月，清軍才平定陝北。 [60]
1649 年十一月，清朝調定南王孔有德﹑靖南王耿仲明﹑平南王尚可喜三王舊部再次南下，孔有德由湖南攻廣西，耿仲明﹑尚可喜經江西取廣東。
1650 年除夕之夜，尚可喜與耿繼茂部由江西偷襲廣東南雄，又攻陷韶州，三月，清軍圍攻廣州。尚可喜見城堅難破，先發兵招降惠﹑潮二州明軍。六月，鄭成功垂涎潮州產量之地，竟趁亂引兵攻打駐守此城的郝尚久，此時潮州以西的惠州已歸附清朝，潮州已於南明隔絕， [61] 而又受到“友軍”鄭成功的攻擊，於是郝尚久一怒之下再次投降清朝。十一月初二，清軍調集援兵大炮， 攻破廣州城池，杜永和由水路逃往海上瓊州。 不久降清。
1650 年九月，孔有德部進入廣西，另一路由全州南進，南北夾擊桂林， 明軍戰敗。李成棟兒子李元胤不忍廣東全省重新淪陷清軍之手，遂往高州﹑雷州收拾殘部，準備再戰。 [62] 此時，孫可望已率軍由雲南進至貴州銅仁，收編了黔省各地割據軍閥，準備與清軍交戰。這一年，鄭成功奪取佔據的廈門﹑金門。
1651 年，清朝平﹑靖二藩攻陷廣東雷州﹑廉州。1651 年十二月，由柳州南下的清軍攻佔南寧。
1651 年三月，清軍趁鄭成功進攻廣東之際，發兵襲取其在廈門的根據地；七月，清軍兵分三路攻取魯監國佔據的舟山：一路由杭州至紹興，一路由衢州經台州——兩路軍同至定海，共取舟山，另一路由台州乘船北上，吳淞水師則由海上南下。八月，清軍在海戰中擊敗明軍，於九月登陸舟山破城，魯監國等人被迫南下，經溫州海域三盤至福州海壇山，1652 年正月進駐廈門，與鄭成功會合。
同年，在南寧屢受排擠﹑又不願投靠孫可望的忠貞營在高一功的率領下經慶遠﹑獨山北上夔東，與袁宗第﹑劉體仁﹑李來亨等部會合，後來這一帶擁明抗清的武裝一起被稱為夔東十三家。
1652 年四月，李定國引軍入湖南，連克靖州﹑武岡，至八月，湖南大部州縣都被明軍收復，除辰州孤城明軍久攻未下外，只有嶽州﹑常德二城尚為清軍據守。明軍在七月初四破桂林。 攻克桂林後，李定國乘勝追擊，收復梧州。
順治皇帝得知湘桂失利後急派敬謹親王尼堪領八旗精銳往援湖南。 孫可望得知清兵即將奔赴湖南，急調李定國由桂入湘，於是廣西大部重新淪於清軍之手。 [66] 十一月，尼堪大軍進至湖南湘潭，明軍退往寶慶。尼堪輕敵冒進直奔衡陽，遭李定國重軍伏擊大敗，同一天，辰州孤城也被孫可望軍攻克。
1652年二月， 吳三桂與李國翰已由漢中入川， 迅速佔領成都﹑嘉定﹑重慶﹑敘州等地。八月，入川的劉文秀軍開始反擊，一舉攻克敘州﹑重慶。九月時，清軍已退至川北保寧。劉文秀光復四川大部後，率軍追至保寧，中吳三桂埋伏，明軍大潰，劉文秀敗回貴州。1652 年十月，鄭成功進攻福建漳州失利。
孫可望逼走李定國後，親統大軍由武岡進至寶慶，1653年與清軍大戰， 明軍戰敗，清兵趁勝佔領寶慶，雙方開始在辰州﹑武岡一線對峙。 [67] 李定國退入廣西，脫離駐守貴州湘西的孫可望後，決定由廣西向廣東進軍。1653 年二月，李定國重佔梧州，師出廣東，進抵肇慶城下。自三月二十六日起，李定國開始攻城，李定國攻肇慶未能得手，只得於四月退回廣西。
而這時，江南反清志士正密謀聯絡東西明軍，與孫可望軍會師於長江。1653年秋，張名振﹑張煌言統水師由福建北上，抵達長江口，1654 年正月直到瓜州，後因孫軍不出，只得返航東下。1653 年四月，清軍攻海澄，被鄭軍擊敗。
1654 年三月，李定國再次進軍廣東，攻陷廉州﹑高州，但此時清朝援兵到達，李定國被迫撤回廣西，所復州縣重新淪陷。 [69] 1654 年十二月， 得到鄭成功援軍的張名振三入長江， 直逼南京。
1654 年，鄭成功奪得漳州﹑泉州，後毀城而去。1655 年五月，劉文秀水陸並進，進攻常德，由於天降大雨，陸軍延期，水軍被得到援軍的清兵擊敗，進軍長江的計劃遂告失敗。 1655 年，鄭成功遣水軍北上浙江，南下廣東。北征之師在十二月進抵舟山；張名振部也從沙洲航海南下進攻舟山，二十六日，舟山群島和定海清軍都反正歸明。南下廣東的鄭軍在潮州揭陽戰敗，在1656 年揚帆東返
1656 年二月，趁李定國西返雲南之際，清軍迅速向廣西推進，廣西大部州縣再次淪陷。 [71] 1656 年七月，鄭成功軍攻克福州門戶閩安鎮，進軍福州。1656 年，清軍再攻舟山，在八月二十七日重佔該島。1657 年月八月，孫可望率大軍由貴陽出師討伐李定國，挑起內戰。孫可望走投無路，深恨李定國，一怒之下投奔寶慶，剃髮降清。
清廷得孫可望之助，盡悉雲貴虛實守備，在十二月起兵三路，進軍西南。
1658 年正月，清朝三路入黔：擊敗湘西明軍，攻克沅州﹑靖州，一路西進，佔領貴州鎮遠，四月入省會貴陽；至四月佔領重慶，遵義，於五月與託羅會師於貴陽； 趙布泰軍三月由湖南赴廣西，取道桂林﹑南丹，與五月攻佔都勻。至此。三路清軍已在貴陽會師。 [73] 在明軍節節敗退之際，李定國奏請永曆帝遣使前往川東，聯絡夔東十三家，令其西下攻重慶，以牽制清軍。七月，夔東劉體仁等部攻重慶，吳三桂深恐後路被切斷，率主力回防，將明軍擊敗。十一月，夔東十三家水陸並進，再攻重慶，雙方激戰十餘日，由於內變，明軍水師大敗，陸軍也被迫回師東撤，忠州﹑萬縣也落入清軍手中。 同年四月，劉文秀病死。
九月，李定國決定分兵把守關嶺﹑七星關﹑貞豐，以擋清軍，未成。十二月，清朝大軍已至曲靖。 永曆朝廷大為震動，決定由建昌北撤川西， 但馬吉翔等人私心自用，攛掇永曆帝及李定國西逃，最終逃往滇西。
1658 年八月，鄭成功趁清軍主力聚集於西南時，乘船北上想入長江。不料八月駛至浙江羊山突遇颶風，兵船損失頗大，只得南下浙江，以圖再舉。
1658 年十二月十五日，永曆君臣撤往大理。1659 年正月初三，清軍未經抵抗即入昆明，初四，永曆帝至永昌（保山），清軍發兵追擊， 克永昌，渡過怒江直逼騰衝。 [74] 永曆帝經邊境鐵壁關逃入緬甸境內，於五月經水路至緬甸首都阿瓦。
1659 年吳三桂部又平定川南敘州﹑嘉定等地，七月，清軍進入成都。
1659 年，鄭成功與張煌言再次北上，奪取定海，由吳淞口入長江，破瓜州﹑陷鎮江，逼近南京。張煌言率前軍西上，招撫上游各州縣來歸， 一時大江南北群起響應， 徽州﹑蕪湖﹑巢縣﹑當塗﹑太平﹑銅陵﹑宣城﹑無為等地依次歸附。清廷聞南京危急，急調清兵支援， 於七月擊敗鄭氏陸軍。
1662 年四月，永曆帝被絞殺在昆明。李定國軍得知永曆皇帝被清軍俘殺的消息傷心備至﹑不久發病死在景線。部下不久便紛紛降清。
1662 年二月，在東南率軍渡海的鄭成功收復荷蘭人盤踞三十餘年的臺灣島，在海外另闢乾坤。
1662 年永曆朝廷覆亡後，只有東南沿海鄭成功﹑張煌言部和川東鄂西的夔東十三家還在堅持抗清。1663年正月初一，清朝發三路大軍會剿夔東，雙方在山險嶺峻之地鏖戰九月，均損失慘重。十一月，清軍調西安滿兵經漢中入川，助攻夔東。夔東十三家最終不敵，劉體仁自縊，袁宗第﹑郝搖旗被俘，夔東抗清基地失陷。至此，明室在大陸已無寸土。
鄭成功在收復臺灣的二年，1663年五月病卒，子孫鄭經﹑鄭克塽相繼保有臺灣。清康熙二十二年，清朝水師大舉攻臺，鄭克塽不敵，在1683 年降清朝。
明末清初，中國社會的主要矛盾，史學界有不同意見。
有的人認為從清軍入關佔領北京起，民族矛盾就成了主要矛盾；也有人認為由明至清階級矛盾一直處於主要地位。 所以南明初期的主要政策是“聯虜平寇”，意思是聯合清朝掃滅“流寇”。可以說“聯虜平寇”（或稱“借虜平寇”）是弘光政權的基本國策。
但是隨著時局的變化，弘光政權卻被“聯虜平寇”方針所葬送，數十萬官軍叛降清朝，反過來為清朝征服江南各地效犬馬之勞。隆武政權以後，朝廷改變方針，由“聯虜平寇”轉為聯合農民軍共同抗清，即“聯寇抗清”。
但是後期因為內部不和逐步被清軍分化瓦解，義軍和南明諸政權紛紛被清軍消滅。
新朝初建，重建軍事力量乃為必然之舉。南明各政權在招收潰兵、流寇及定策之兵等基礎上，開始軍事重建之路，最終形成幾支較強大的軍事力量作為支撐本政權的存亡。
南明皇帝多為武將擁立。從而導致各政權的軍頭常以敗軍之將坐收“定策”之功，出現了軍閥操縱朝廷的局面。地方軍隊大多為私軍，統軍將領往往稱霸一方。南明多次東征、北伐，確有助鞏固偏安之局。關於兵源方面，因為戰亂軍戶大減，兵員改以募兵補充，或直接徵兵。其中由大順軍餘部改編的忠貞營、大西軍餘部改編的駕前軍，屢次擊敗清軍。
從軍事鬥爭上看，南明造就了許多愛國志士、民族英雄。南明處於滿洲，蒙古聯合入侵的嚴重威脅之下，為此南明軍民進行了四十年艱苦卓絕的抵抗鬥爭，湧現了無數氣壯山河、可歌可泣的民族英雄，如史可法、李定國、鄭成功、李來亨、瞿式耜、何騰蛟等。僅《欽定勝朝殉節諸臣錄》就收錄有殉節諸臣2249人，其中大部分身處南明時期。
弘光帝曾以對等的禮儀派使者左懋第詔諭清國，並稱順治帝為清國可汗。在詔書中，弘光帝提出四件事：要安葬崇禎帝及崇禎皇后、以山海關為界，關外土地給予清國、每年十萬歲幣，並“犒金千兩、銀十萬兩、絲緞萬匹、犒銀三萬兩”、建國任便。 意圖令明國和清國共存，通好議和。不過左懋第到北京被囚，使事失敗。
潞王朱常淓監國次日，按馬士英的意見，派陳洪範同清軍議和，以割讓江南四郡為條件。 但由於陳洪範早已降清，此事不了了之。
隨著清軍逐步南進，安南開始改變對南明的態度。清軍進入廣西、雲南後，安南各政權已經開始建立了與清朝的宗藩關係。這段歷史反映了古代中越關係史中，不是正統觀念，而是政治實力才是雙方建立朝貢關係的基礎。琉球一直拒絕同清朝建立關係，直到1653年（永曆七年），琉球中山王尚質才遣使前往清朝，決定同清朝建立朝貢關係。第二年，再遣貢使，並且繳換了明朝敕印，請求封號。弘光政權延續了明朝舊有的對日政策，在抗清作戰中沒有改善中日關係的行動，仍然設置敵視日本的官職，給浙江總兵官王之仁鎮倭將軍印。隨著清軍南下的兵鋒愈來愈強勁，南明武將跋扈控制朝廷和各個政權相互爭奪正統地位的局面的出現，使得抗清形勢變得愈來愈嚴竣。南明朝廷中不願亡國的忠貞義士利用他們曾經與日本建立的各種關係，多次前往日本乞求軍事援助，希望抗清力量得以擴充。日本態度猶豫不絕，歷經曲折，雖然日本官方並未直接出兵對清作戰，但卻在歷次的南明乞援行動中給予南明抗清勢力諸多軍事物資援助。這種以軍事作戰為需要的政治交往，同時帶動著中日貿易和文化交往的展開。
