魚圓的製作方法多種多樣，各地做法有所不同，揚州魚圓在製作時只加水和鹽，不加蛋清，不加澱粉，不加豬油，在全國獨樹一幟。其特點是色澤潔白，圓潤飽滿，表面光滑，韌性強，口感特別細膩滑嫩，入口即化。它的製作難度較大，要做到完美無缺實非易事。
魚圓製作的程序是：選擇原料——初步加工——制魚茸——調味制餡——定型熟制
選擇原料範圍廣
可製作魚圓的魚類很多，常用的有草魚、鰱魚、白魚、墨魚、鰻魚等。這些魚肉質地細膩潔白，出肉率高，吃水量大，製作出的成品能突出魚圓的特點。飲食業中以用草魚為多，因為它出肉率高，吃水量大，製作成本低，符合經營需要。而品質較好的應數白魚和墨魚，這兩種魚肉特別細膩，色澤特別潔白，製作出的魚圓特別細膩潔白，是上等原料。切記，魚要選用新鮮的。如果是鮮活的，應宰殺乾淨後入冰箱冷藏一天後使用，因為剛宰殺的魚肉處
於僵直期，如此時制魚圓不易取肉，且腥味重，鮮味差，吃水量少，冷藏後進入成熟期是最佳時期；不新鮮的魚肉進入腐敗期，魚肉不能吃水，制餡時不能攪打上勁，導致失敗。
初步加工宜小心
魚經宰殺制淨放置至成熟期時，取下魚肉放砧板上，用刀背捶敲魚肉使肉質疏鬆，再用刀刃順刺刮下魚肉，這樣取下的魚肉不帶刺，不帶筋，能保證魚圓的鮮嫩細膩。注意魚紅部分不用，以保證魚圓色澤潔白。如用不帶細刺的魚則直接取肉即可。
漂淨血汙注意時間
魚肉中含有較多血汙，色澤暗淡，經清水漂洗後可漂去，以保證成品色澤潔白。在漂洗時注意時間恰當，以能漂去血汙為準，不可時間過長，以免使魚的鮮味物質流失過多。
制魚茸求細膩
制魚茸有兩種方法，即用刀排斬和用食品攪拌機攪碎，以越細膩越好。魚茸越細膩則魚肉親水基因越多地暴露出來，吃水量越大，製作出來的魚圓越細嫩。
下面，我們分別來看一下兩種制茸方法。
1排斬：在砧板上皮面朝下放一張新鮮的豬皮(目的是防止在排斬時將砧板上的汙物或木屑混進魚肉中)，上放魚肉，用刀將魚肉排斬成極細的茸。
2食品加工機絞碎：將魚肉放入食品加工機中絞碎。加工機切刀轉速很快，可將魚肉加工得極其細膩，使魚肉吃水量更大，製作出的魚圓更光滑，口感更細膩，且省時省力。在加工時要注意避免機器過度摩擦產熱使溫度上升，魚肉蛋白質受熱變性凝固導致菜餚失敗。避免魚肉溫度過高的方法有兩個，一是絞碎機多次間歇攪動，每次攪動時間不超過三秒，分多次將魚肉絞至所需狀態。不要一次攪動時間過長使機器溫度升高。二是攪動時在魚肉中加入冰水降低溫度。
調味制餡鹽適度
在魚茸中加入水、蔥薑汁、料酒攪拌均勻（魚肉與水的比例為1：2左右)。再加鹽攪至魚茸上勁呈凝膠狀態。
加鹽的目的是增加蛋白質的水化作用，促進蛋白質吸水。鹽的量要適中，過少，魚茸吃水不透，不能更好地上勁；過多，魚茸會變鹹變硬。鹽要分次加入，前幾次要少加，使魚茸內部吃透鹽，後幾次要加足，通過攪拌使魚茸充分上勁成為膏狀膠體。攪拌時要由慢到快，
剛開始，鹽與魚茸充分混合，接著魚茸會由稀變稠，此時加快攪拌速度一鼓作氣，魚茸會很快上勁且很有光澤。攪拌要順一個方向進行，不能改變方向，這樣可以使肌肉纖維形成新的網狀結構，將水包入其中形成凝膠體，越攪越緊密，使魚漿上勁變稠，形成勁力很大的凝體。
魚茸制好後靜置十分鐘，使各種物質與魚肉充分結合。這時，我們可以檢驗一下是否達到質量標準，方法是擠一個魚圓在清水中，如下沉可能是加水量不夠或加鹽過多，如雖上浮但變形或表面毛糙則是由於加水太多沒攪上勁，應及時改正。質量好的應入水上浮，表面光滑，形狀渾圓周正，勁力足，不鬆散。
定型熟制有三式
熟制魚圓的方法有三種。一種是冷水下鍋加熱制熟，一種是熱水下鍋加熱熟制，一種是溫油氽熟。
1冷水下鍋法
將魚茸擠成魚圓下入冷水鍋中，再用中小火加熱至70℃左右轉小火保持水溫養熟即可。
2熱水下鍋法
將水溫先加熱至70℃左右，再轉小火保持水溫不變，擠入魚圓將其養熟。
3油汆法
在鍋中放入化豬油，小火加熱至二三成熱，擠入魚圓保持油溫氽熟即可。
冷水下鍋法可使魚圓成熟一致，但一次不能下多，否則易破；熱水下鍋法一鍋可下入較多，口感也較冷水下鍋法更加鮮嫩，但成熟度不太一致；油汆法制作的魚圓因其在加熱過程中水分散失較少，所以色澤更潔白，口感也更細膩。
操作關鍵
1加熱溫度控制在70℃左右，不可過高，特別是用水加熱時不可沸開，否則魚圓會破裂散開。
2加熱時間不宜過長，待魚圓成熟且富有彈性時即可撈出，如時間過長則魚圓口感變老，甚至導致膨脹散開。