在明清戰爭的歷史上，毛文龍的地位非常特殊。一方面長期活躍在對抗滿洲新貴的最前線，另一方面又經常遊離於明朝的大規模軍政體系之外。至於他的突然被殺，則成為了著名的歷史爭論話題。但和死於敵手或內奸不同，斬殺他的薊遼督師袁崇煥，一貫以忠臣形象示人。
那麼袁崇煥為何一定要斬殺毛文龍？以至於在自己的光輝形象身上，烙下了很難清理乾淨的汙點？
袁崇煥從一開始就被自己的嘴炮給舒服住了手腳
袁崇煥之所以要殺毛文龍，主要是因為後者嚴重阻礙了自己的遼東施政方針。無論是對內或是對外，袁崇煥都和當時的後金一樣討厭毛文龍這股勢力。所以就抓住機會，趁其沒有防備的時候突然施行就地正法。
要理解毛文龍被袁崇煥如此厭惡的原因，就要分析這兩個人在當時所處的不同局面。如果不是袁崇煥自己在京師打出的嘴炮，這兩人原本是可以在遼東地區展開廣泛的合作。縱使存在相互嫉妒和互相不服的因素，也並不妨礙彼此針對後金勢力進行分頭行動。但因為袁崇煥在上任之前，就已經被“五年平遼”的口號所束縛。此後的一切形式原則，都必須儘可能的向這個虛無縹緲的理想靠攏。
袁崇煥時代的明軍 還保有最後一絲的技術優勢
對當時的袁崇煥來說，究竟如何平定滿清本身已經不再構成一個問題。因為只用短短五年時間，根本不可能消滅已經成長起來的八旗勢力。最好的結局就是依靠各種局部勝利，形成對明朝這邊最有力的態勢，再將後金強行拉到談判桌上。如此這般，才能給崇禎皇帝一個不是面子的結果。否則，無論自己取得多少次類似寧遠大捷的防禦性勝利，都會在五年任期後被自動歸為“無能”與“欺君之罪”。
為此，袁崇煥還必須在遼東的明朝控制區內做到“唯吾獨尊”。即將全部的資源和兵馬都握在手裡，並按照自己的意志進行統一部署行動。不僅做到資源配置上的完全掌控，也要在具體戰術取捨方面做到完全統一。很明顯，毛文龍的存在就讓他感覺渾身不舒服。
毛文龍的控制區都位於沿海 不受袁崇煥的直屬管轄
毛文龍的主要控制區都遠離袁崇煥所處的遼西主基地，等於是一個獨立於遼東軍政指揮系統的地方勢力。後者只用在名義上“服從”袁崇煥，而在具體操作中進行自給自足的勢力擴張。在袁崇煥需要後者完全服從自己的戰略小心思時，就會感到任何命令都不起作用。毛文龍的地盤看似渺小，攻擊的輻射範圍卻比大部分明朝駐軍要大。他們劫掠清軍後方的行動，也比正規大戰更對敵人有威懾力。
為了與後金勢力進行順利談判，袁崇煥就必須叫停毛文龍在遼東半島與朝鮮之間的襲擾戰活動。但毛文龍孤懸於明朝主要控制區外，有很多物資依靠劫掠後金控制區獲得。其麾下的很多人也基於戰利品而追隨毛文龍作戰。所以，毛文龍不可能放棄自己的立足根基。因為一旦舊的模式中止，那麼他的部下就可能棄之而去。甚至在內部發動小規模的兵變，扶持一個願意繼續帶頭遊擊的軍官上位。這也是毛文龍與袁崇煥無法共存的根本性原因。
為了險中求生 袁崇煥必須在遼東全境做到唯吾獨尊
反過來看，後金勢力的長期存在，對於毛文龍和其部下來說恰恰是好事。因為如果後金被明朝迅速消滅，那麼他們在沿海島嶼上的草頭王時光就將不復存在。甚至是隻要雙方握手言和，毛文龍也會失去繼續合法打劫的正當性。到時候明朝宣佈自我勝利，袁督師也會功成名就的去其他地方任職。留下失去主要經濟來源的毛文龍，不知如何安撫自己的屬下。
但對時間寶貴的袁崇煥來說，同後金的繼續對抗就是自己的滅頂之災。在交通和通訊技術不發達的古代，談判雙方確定對方的誠意和具體條件，就可能花去幾個月至半年時間。這意味著袁督師必須在更短時間內，先建立起對滿清整體性優勢。然後在雙方的正式和談開始前，與對手敲定可以被皇帝接受的大致條件。一旦中間環節出現拖延或失敗，那麼五年平遼的嘴炮將把自己直接打死。
袁崇煥治下的明軍 其實也只能做到守住城池
最後，毛文龍利用與後金的戰爭，繼續擴大自己的影響力，也不符合明朝時已根深蒂固的郡縣統治模式。士大夫出生的袁崇煥，一直為朝廷服務，本能的視毛文龍這類人為更大威脅。在當時的正統官宦或文人看來，毛文龍的集團也有成為獨立軍閥的可能。如果再改換陣營親近滿清，那麼名義上更高一級的袁崇煥自己也有推脫不掉的罪責。
因此，袁崇煥為了自己的口號、理想和戰略，極其短視的斬殺了毛文龍。但他搞定滿清的任務卻依舊沒有任何起色。一直給他帶來極大心理壓力的崇禎皇帝，最後也為其送上了凌遲大禮。他的繼任者們，也不再能獲得滿清側後友軍的鼎力協助，在戰略上顯得更為被動。
毛文龍或許有些死不足惜，但害死他的前因後果卻無不體現了王朝後期的末世景象。權力場中的所有人都在相互牽制、環環相扣，最終也限制了自身發揮紙面上的任何優勢。