這個問題很有趣。（各種年齡暴露·······）
最常見的原因是不同的出版社、不同的歷史時期翻譯，造成同一個人物和角色有不同的名字，這個在早期的動漫作品中還是很常見的。
舉一個栗子：
大家最熟悉的哆啦A夢，在上世紀90年代最初引進的動畫中，被稱為機器貓或叮噹貓，這估計是當時的電視臺譯製人員為了便於小朋友理解，給起了一個朗朗上口的名字。
後來在1990-2000年間，機器貓各種盜版漫畫層出不窮，我曾看到過將哆啦A夢譯為阿蒙（估計是A夢的簡稱）、機器貓、小叮噹等多種名字，也是不同的出版社在盜用作品時產生的差異。
後來小學館正式將此漫畫授權大陸出版時，明確了哆啦A夢的名字。（wiki上說是藤子·F·不二雄老師的遺願，希望在亞洲的各個版本能統一名稱。）當時在漫畫書上還專門有一頁是哆啦A夢對看書的小朋友說：我的名字叫哆啦A夢，以前有人叫我小叮噹，也有人叫我機器貓，我都很喜歡。但我還是更願意你們叫我的本名哆啦A夢喲。
另一個栗子：
《城市獵人》男主角冴羽 獠（さえば りょう）。
冴羽獠這個名字中的漢字相對較生僻，大陸海南出版社在翻譯時給他起了一箇中國式的名字，就是大家都熟知的寒羽良（估計是日語發音重譯的）。
另外港臺版在早期翻譯日本漫畫時還有一個習慣，就是把人的名字完全換成中國人的姓氏名稱，所以寒羽良還有一個名字叫孟波。
由於早期臺灣出版商未授權就擅自出版《城市獵人》，再加上當時政府反日意識強烈。因此出版商為了避嫌用了譯者“孟波”的名字來代替原名。成龍93年的電影《城市獵人》男主角名叫孟波，就是從漫畫中來的。
如果你有機會翻看上個世紀的一些臺版少女漫畫，特別是大然那時候的那一批，會看到不少人物都是給起了中國姓氏，都是當時出版社為了接地氣（或是版權方面避嫌、反日情緒、好讀等原因）給改的。
找個栗子：
出自大然版少女漫畫《千面女郎（玻璃假面）》，女二號原名姬川亞弓-白莎莉；她母親姬川歌子-白嘉芳。
總結起來，這些都是翻譯過程中為了接地氣，為了讓小朋友們覺得好讀好認，給故意這麼翻的。這不是失誤出錯，是故意所為。
有人說王小明不是為了本土化，而是怕李小狼這個名字帶壞小朋友。反正都是給故意改的。
這麼想來，以大然、海南出版社為首的早期漫畫出版社，翻譯還是很需要點想象力嘛。
另外有一個原因，是一些漫畫中的人物名稱原本為日語式片假名，部分出版社在翻譯的時候是意譯，而有的是音譯，所以會有偏差。
栗子：《美少女戰士》中，女孩子們變身後，不再稱呼原名，而是以星球名稱互稱。
木星木野真琴，大家有時候會稱呼她為Jupiter——有的出版社以音譯為朱彼特，有的出版社則直譯為木星。這也是翻譯上產生偏差的原因之一。
補充：再舉個栗子
翻譯奇葩這事兒，其實香港臺灣也不少啦。
比如：提到的變形金剛。
所以這事兒大家也別太糾結了。
隨著時代進步，上面這種奇葩已經少了很多，現在國內的奇葩翻譯主要是來自譯者不用心。所以一個好的供應商就顯得至關重要潤界信息科技有限公司（WordTech International）是行業領先的全球化解決方案服務商。在信息技術、生命科學、法律、金融以及多媒體制作等行業領域提供高質量的多語言產品幫助企業進駐全球市場。每天都有數億人在使用WordTech 參與的本地化產品。例如Ms Office，iOS等，已廣泛應用於我們的生活和工作中，WordTech 的本地化產品已經融入並開始服務於我們生活。2017年，WordTech 獲得中央電視臺供應商資格，主要服務於法語、俄語國際頻道，響應國家“一帶一路”的號召，將國內優秀的影視作品翻譯成多國語言版本，將其傳播到絲路沿線各國。精準的翻譯水平、高質量的配音和專業的技術後期得到央視和觀眾的一致好評。2018年6月，在全球著名語言行業諮詢機構CommonSense Advisory (CSA Research) 公佈的全球語言服務商排行榜中，WordTech 再一次成功躋身亞洲語言服務商30強，居亞洲第14名。WordTech 秉承企業全球化的最佳實踐語言技術標準，已成為全球化項目的首選供應商。
還有《環太平洋》中的賊鷗，英文名Jaeger，實際上來自德文Jäger，看過《進擊的巨人》動畫版都知道是“獵人”的意思。“天馬流星拳”那就更是莫名其妙了。
關於日語譯為中文時，不同漢字選擇造成的偏差，比如《魔法少女小圓》 暁美ほむら，有的字幕組寫的是曉美炎，有的寫的是曉美焰，這種情況，當然以官方正式授權版本為準。