在神奧傳說中，整個宇宙，包括精靈寶可夢世界，是由一位名為阿爾宙斯的寶可夢創造的。阿爾宙斯從虛無之地的蛋中誕生，是第一隻存在於世界的精靈寶可夢。接著阿爾宙斯創造出帝牙盧卡，帕路奇亞，還可能包括騎拉帝納。阿爾宙斯分別給了帝牙盧卡與帕路奇亞掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則掌控反物質的能力，它存在於另一個次元之中。接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆，由克希，和艾姆利多，分別代表共存於現代的人類和精靈寶可夢之中的意志、知識與感情。它們生存於今天被稱為立志湖，睿智湖，心齊湖的湖泊的異空間裡，被稱為湖中的傳說寶可夢。在此期間，夢幻在精靈寶可夢世界誕生，幷包含了當時及未來存在的全部精靈寶可夢的遺傳基因。
固拉多與蓋歐卡的大戰
很久很久之後，固拉多從地底的岩漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成於臭氧層的物質中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。兩隻超古代寶可夢終於碰面，帶來了為爭奪在寶可夢世界之初的優勢而進行的激烈戰鬥。烈空坐最終平息了這場戰鬥，並使得固拉多與蓋歐卡回到各自長眠的洞窟中。為了防止兩隻超古代寶可夢再度醒來，硃紅色寶珠與靛藍色寶珠被製造，並保管於送火山。當時，夢幻在世界各地出現，有相當多的分佈數量。除此之外，精靈寶可夢世界中出現了天冠山一類的地塊，隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區，在天冠山周圍形成的是神奧地區。在這場造山運動中，神奧地區的東北部出現了嚴酷山，在其中的岩漿中誕生出席多藍恩。阿爾宙斯創造了金剛寶珠、白玉寶珠和白金寶珠，之後進入了長眠之中。
遠古時代的未知圖騰
許多年之後進入了史前時代，並出現了多種存在於那個時期的精靈寶可夢。考古學家已證實這些精靈寶可夢分佈於各個陸地，在今天形成了化石幷包含著精靈寶可夢的遺傳基因。這一時期可能夢幻的數量開始減少，世界上更多地存在其它種類的精靈寶可夢。除了精靈寶可夢之外，精靈寶可夢世界上還出現了人類。
在石器時代、冰河時代和鐵器時代，分別出現了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地區，並作為打開在切鋒神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。
燒焦塔在被燒燬150年之後
約3000年前，卡洛斯地區發生戰爭。當時的國王ＡＺ的寶可夢朋友花葉蒂死亡。ＡＺ因而開發出了最終兵器。
1500年前，最早的文字書寫方式在阿露福遺蹟、阿斯卡納遺蹟和隨意遺蹟出現。考古學家尚不能確定未知圖騰和這種書寫方式究竟哪個最先出現，但顯然它們之間有某種關聯。在此時期，鯉魚王的種群發生突變，成為了最脆弱的寶可夢。
約800年前，在臨死之際，哲爾尼亞斯 釋放X/伊裴爾塔爾 吸取Y了卡洛斯地區的生命能量，之後在森林X/山脈Y陷入沉睡。
在700年前的近代，在圓朱市相繼建造了9層高的鈴鐺塔和鍾之塔。兩座塔象徵著寶可夢與人類之間的友誼和共同生活的希望。從塔頂一覽的情景十分壯麗。西邊的是喚醒寶可夢的鐘之塔，而東邊的塔是寶可夢的休憩之處。據說在當時，一隻巨大的銀色寶可夢棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦列島棲息。在那時起，第一屆寶可夢聯盟比賽開始舉辦。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造寶可夢多邊獸。
槍柱上的帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納
在數年前，人類從夢幻的基因中克隆出超夢，超夢逃脫了人類的控制並破壞了紅蓮島上的寶可夢屋。不久之後，紅蓮島的火山噴發破壞了島上的許多區域。另外熔岩隊和海洋隊的首領喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地區開始變得寒冷。敵對組織銀河隊使用紅色鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。由於主角的干涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是毀壞的世界的入口。騎拉帝納和銀河隊首領赤日進入了毀壞的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地區恢復了平和。
在近年，以Ｎ為首的等離子隊在合眾地區活動。魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表面上是想解放寶可夢，實際上在醞釀更大的陰謀。而N則為他的理想收服了捷克羅姆或萊希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在合眾八位道館館主的幫助下，喚醒了另一條龍寶可夢在Ｎ的城堡及時阻止了N，但N幕後的魁奇思露出了他的真面目。由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，N乘著捷克羅姆或萊希拉姆飛走。國際刑警官員帥哥在主角的幫助，逮捕了等離子隊餘黨，合眾地區的風波被平定。
2年後，等離子隊分裂成兩派。魁奇思帶領等離子隊企圖用酋雷姆的力量把合眾地區冰凍，後來被主角及N阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆B2或萊希拉姆W2 合體。最後，酋雷姆被主角制服，合眾地區免於受到危機。
就在這段時間裡，卡洛斯地區的閃焰隊打算使用“最終兵器”改變這個世界。因而喚醒了哲爾尼亞斯X或伊裴爾塔爾Y。主角制伏了它們以後，卡洛斯地區3000年前的國王ＡＺ的後代，閃焰隊首領弗拉達利使用能進行超級進化的寶可夢打算阻止主角離開閃焰隊祕密基地。最後，主角成為冠軍，回到密阿雷市接受表揚。ＡＺ與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地區脫離了危險。