黃帝說：陰陽，是自然界的一般規律，是萬事萬物的綱領，是事物變化的起源，也是新生與消亡的根本，自然界的無窮奧祕都在其中，所以診斷和治療疾病也務必求之於陰陽這一根本。
自然界的輕清之氣上升形成天，重濁之氣下降成為地。陰性柔和而安靜，陽性剛強而躁動；陰陽的相互作用，形成了生、長、收、藏的過程，陽施化清氣，陰凝聚成形；寒到了極點就轉化成熱，熱到了極點就轉化成寒；寒氣凝斂，能生濁陰；熱氣升散，能生清陽。在人身中，清氣不升而滯於下，就產生完谷不化的洩瀉；若胃中的濁陰之氣堵塞在上而不降，就會產生胃脘脹滿類疾病。這就是陰陽運行失常表現出來的一種病理現象。
清陽之氣上升蒸騰為天，濁陰之氣下降凝聚為地；地面上的水溼之氣蒸騰上升成為雲，天空中的雲霧之氣凝聚下降成為雨；雨是由地氣上升之雲轉變而成的，雲是由天氣下降之雨蒸發而成的。所以，在人身之中，清陽之氣上出於眼、耳、口、鼻諸孔竅；而濁陰之氣從下竅而出，如大小二便等穢濁之物從前後二陰排出。清陽之氣向外開發肌膚腠理，濁陰之氣向內歸藏於五臟；濁陰之氣內走於六腑，飲食水谷中的營養才能被消化吸收，糟粕才能排出體外。
水的性質屬陰，火的性質屬陽；氣的性質屬陽，味的性質屬陰。藥物飲食的五味滋養了形體，而形體又仰求元氣的充養；藥物飲食之氣生成人體的陰精，人體的陰精又依賴氣化而產生。五味太過則損傷形體，陽氣太過則耗損陰精，陰精能化生人體的元氣，藥物飲食的五味太過又耗傷人體的元氣。
陰性沉下，故味出於下竅；陽性升浮，故氣出於上竅。味屬陰，味厚者為純陰，而味薄者為陰中之陽；氣屬陽，氣厚者為純陽，氣薄者為陽中之陰。味厚者能瀉下，味薄者則通利；氣薄者能宣洩，氣厚者則令人發熱。熱性大的藥物耗散正氣，氣味溫和的藥物則可使正氣壯盛。這是因為大熱消耗正氣，溫和的陽氣則能生髮正氣。氣味辛甘，具有發散作用的藥物屬陽；氣味酸苦，具有湧吐、瀉下作用的藥物屬陰。
陰氣偏勝則傷陽氣，陽氣偏勝則傷及陰精。陽氣偏勝，病人表現出發熱；陰氣偏勝，病人表現出畏寒。如果寒到極點則出現熱的表現，熱到極點又會出現寒的表現。寒邪傷人形體，熱邪傷人氣分；氣分受傷則使人感到疼痛，形體受傷則引起腫脹。疾病先出現痛而後出現腫，是先傷於氣而後涉及形；先腫而後痛的，是先傷於形而後及於氣。風邪偏勝就會引起頭暈目眩、肢體痙攣、晃動，熱邪偏勝就出現癰腫，燥邪偏勝就出現乾枯少津的病徵，寒邪偏勝可以導致浮腫，溼邪偏勝就出現洩瀉。
自然界四季的交替、五行的演變，形成生、長、收、藏的過程，產生寒、暑、燥、溼、風。人有心、肝、脾、肺、腎五臟，化生心氣、肝氣、脾氣、肺氣、腎氣，從而產生喜、怒、悲、憂、恐五種感情。所以，喜怒等情緒太過會傷人五臟之氣，寒暑等氣候太過會傷人形體。暴怒會損傷人的陰氣，暴喜會損傷人的陽氣。情緒太過，會使氣血突然紊亂上衝，充滿上部的經絡，於是陽氣脫離形體，從而出現昏厥甚或死亡。所以對喜怒等七情不加節制，對寒暑變化不加以調攝，生命就不能長久。因物極必反，故陰氣過盛則轉化為陽，陽氣過盛則轉化為陰。所以說，冬季感受了寒邪，到第二年春季會出現溫病；春天感受了風邪，到了夏天就容易發生腹瀉；夏季感受了暑邪，到了秋季就易發生瘧疾；秋天感受了溼邪，到了冬天就容易發生咳嗽。