那麼，在月下類惡魔城逐漸淪為奶粉作，投入的資源一代比一代少的時候，KONAMI的製作資源到底投放到哪裡去了呢？答案是他們拿這些人力物力去做3D版本的惡魔城了。如果說掌機上的月下系發展歷史是一部逐漸衰落的長篇電視劇，那3D惡魔城就是一系列不停超展開卻倍受抨擊的悲劇電影。
最早的3D惡魔城嘗試是1999年N64上的兩代惡魔城——沒錯，他們一年做了兩代，年初一代，年末一代，兩個團隊基於差不多的技術引擎同時開工做了兩套內容。但這兩個遊戲的技術地基可以說是非常不穩固的：它們和現代的3D遊戲幾乎沒有相通之處。遊戲的視角既不固定，也不追尾，甚至不能說是切換或者自動。設計師明顯沒有像馬里奧64的設計師那樣考慮過操作容錯性和準確度，也不像塞爾達時之笛的設計師那樣考慮過鎖定和無鎖定操作之間的差距，惡魔城64的做法就只是把角色直接丟進一個3D場景裡，全部寄希望於玩家能夠掌握這些反人類的“自然”操作——甚至比惡魔城初代在FC上時的相對完成度還低。只有遊戲史愛好者考古的時候，才會想起去玩這些遊戲，用它們反襯今日遊戲設計水平的進步……好吧，你不能要求每個遊戲公司都是任天堂，直接就發明出了3D遊戲的正確做法，這是不合理的。藉著惡魔城的牌子和N64在北美的力量，第一作N64惡魔城銷量還不錯，足足賣了六七十萬份，但第二作的銷量就急跌到十萬出頭（北美玩家：我們是不會兩次中計的！）
N64版本的失敗讓惡魔城組3D化的野心受到了些許挫折。又過了幾年，到了PS2時代，這次該五十嵐孝司本人親自上陣了。2003年和05年的兩代3D惡魔城《無罪嘆息》和《黑暗詛咒》明顯吸取了N64的教訓和其他PS、PS2上3D遊戲的影響，變得更像傳統的3D動作遊戲了。無罪嘆息的設計受到了《戰神》和《生化危機》的很大影響，在大量的場景中使用預設鏡頭以達到更好的觀賞效果；黑暗詛咒則在此基礎上整合了更多RPG和收集要素，刷起來隱約能看到真三國無雙的影子。限於PS2的機能，絕大多數場景都很小，結構也很簡單，甚至會覺得有些土——這同時也限制了關卡設計所能使用的技巧。在很多房間裡，關卡設計師可以說是絞盡腦汁在螺獅殼裡做道場，在那些狹窄、簡單的方盒子裡硬生生塞進各種各樣的跑酷、躲閃、跳躍謎題。這些勉力而為的嘗試通常並不能起到太好的效果，反而令人十分煩躁。黑暗詛咒試圖引入更多RPG成長要素、道具偷盜和刷掉落來沖淡這種感覺，卻使得遊戲顯得更加冗長。如果拿這兩代惡魔城和PS2時代其他動作遊戲或RPG遊戲相比，這兩作的不足就愈加明顯：傳統惡魔城式的跳躍和解謎、戰神式的戰鬥和閃避、月下式的地圖探索和收集，在這兩個遊戲中沒能交互出什麼化學反應，只是非常勉強地捏合在了一起。當然，就我個人的棄坑體驗來說，最大的問題果然還是進出房間的讀盤——這些要命的反覆讀盤確實和遊戲的系統有著巨大的衝突。絕大多數中後期PS2遊戲都會絞盡腦汁來降低讀盤產生的不適感，比如戰神或者FF12，但這兩代惡魔城簡直是變著法子逼你不停讀盤。如果我們能在今天的技術條件下重新設計和製作這兩代惡魔城，或許遊戲的整體質量會提高很多；但放在PS2上，我只能說它們確實將PS2時代的技術短板展現得淋漓盡致。
或許是由於3D惡魔城和後期的2D掌機惡魔城反響都不太好，在2000年代後半，Konami已經基本雪藏了這個系列，只是偶爾做幾個復刻版，或者格鬥遊戲這樣奇怪的東西來維持系列的影響力。五十嵐的IGA組開發的新惡魔城草案也被取消，取而代之的是由西班牙公司MercurySteam和小島秀夫的Kojima組聯手開發的、完全走戰神風格的《暗影之王》（Lords of Shadows）系列。如果拋開惡魔城的系列背景來看，暗影之王系列或許不能說特別糟糕，算是個合格的、7分等級的動作遊戲；但如果你要將這個遊戲的設計思路，放在整個系列的圖景中來看的話，就會感到濃濃的違和感。從五十嵐做出月下以來，整個惡魔城系列就走在“開放世界”的方向上，從未動搖；而從後來市場的發展來看，這個方向無疑是符合大趨勢的，看看銷量排行榜上有多少“開放世界或沙盤”的遊戲就知道了。暗影之王系列開了相當大的倒車，將遊戲完全拉回到了戰神、神祕海域這種線性關卡式的3D遊戲中來，幾乎相當於對系列進行了一次重啟。糟糕的是，西班牙人完全沒有索尼第一方那種技術力，兩代暗影之王的製作水平都距離當時的第一集團有著相當大的差距。遊戲的故事也完全重啟了，很多資深惡魔城粉絲因此完全不承認暗影之王三部曲的系列地位，暗影之王2更是達到了系列銷量和評價的最低點，直接導致了Konami決定結束這個系列。
毫無疑問，3D的惡魔城是所有惡魔城遊戲中表現最差的一組。從1999年到2014年，所有的3D惡魔城開發者都在尋找正確答案的過程中掙扎，並最終失敗。不管是效仿生化危機、戰神還是真三國無雙，都不是那個正確的答案。
那麼，3D化惡魔城的正確答案存在嗎？是存在的。
我們現在都知道，3D化惡魔城正確的答案是什麼：那個答案的名字是黑暗之魂。複雜而充滿分支和隱藏要素的關卡設計、艱難但充滿技巧性的戰鬥、多變卻令人印象深刻的敵人、複雜深奧的劇情，還有最重要的，允許玩家以多變的技巧和等級成長降低難度的系統。如果我們要找一個最像“Metroidvania”的3D遊戲，那毫無疑問就是魂系列。
倘若Konami真的肯再次復甦這個系列，按照魂系列的設計製作3D惡魔城或許是唯一的選擇；但以現在Konami的製作能力，他們恐怕是做不到像魂系列那樣的敵人和關卡質量的。所以，這篇文章也只能停留在這個假設的結果中，無法再前進哪怕一步了。