自上古至兩漢的數千年間，菏澤為先民生息聖地、天下之中；三國後菏澤經濟漸衰，至南北朝時已經衰退，金元時徹底衰落。天下很少有人知道菏澤過去還曾有過燦爛的文明。菏澤失去古代歷史文明的主要原因有四：黃河的淹淤、長期戰亂的摧殘、歷史典籍的亡散和失去口傳的歷史文化。
1、黃河泥沙湮沒
據地質資料分析，上古黃河之水經常無道橫流，所以出現了女媧治水、顓頊治水、共工治水、大禹治水的傳說故事。北到天津北，南到淮陽南，縱橫千餘里，在東方25萬平方公里的土地上，隨處可見黃河水道。從而造就了華北和黃淮崗丘平原。堯、舜、禹時大水過後，黃河從浚縣北入華北平原漫流入海，使位於菏澤之境的四澤十水少了河患，得以成為先民棲息中心。
兩漢四百年，黃河決口達16次之多，尤以兩漢之交為甚。菏澤天下之中的交通地位受到毀滅性的破壞。漢武帝元光三年（公元前132年）“河決於瓠子，東南注鉅野，通於淮、泗。”【122】（《史記》）當年堵口失敗，丞相田蚡為保河北封地，以“江河之決皆天事，以人力為強塞，強塞之，未必應天”【123】為由，竟任其氾濫達23年之久。直到元封二年武帝巡視，目睹災情，又恰值天下大旱，黃河水小，遂發卒萬人親自上河督工，令群臣從官自將軍以下揹負薪柴，添堵決口，終於堵合。這次長達23年的漫流，對四澤十水水系的破壞非常嚴重。濟水、濮水淤塞，影響了航運交通；雷澤自西向東淤小面積，大野澤自西向東淤滾十幾裡，且使鉅野城陷於湖水之中（見《西漢地圖志》）。菏澤、孟渚澤及菏水、沮水、澭水都受到嚴重淤塞，水上交通不得不改由以鴻溝入淮。菏澤整個地面被黃沙抬高近乎半米。從此菏澤天下之中的交通商貿優勢開始萎縮。
漢哀帝時，河決東郡，縱橫亂流，難以分清主次河道；漢平帝時，河道南移，造成黃河、濟水、汴水各支混流的局面，菏澤全境在黃泛之中達60年之久，【124】人民流離失所。直到漢明帝時王景治河，才解決了菏澤水患，使河、濟歸流，土地涸出，人民始為生計。
五代、北宋，黃河屢決，水走濮水雷澤；金兵南侵，杜充決河，水走菏澤40年而無人治理；金元至明初200年，四澤十水，全部淤為平地，地面遺址除堌堆外蕩然無存。菏澤終於在金代被黃河徹底送上黃泛災區，曆元、明、清700年黃泛不止。西漢前的地表被黃河泥沙平均淤蓋3—7米不等。
2、戰爭毀滅摧殘
東漢末年，天下大亂，菏澤之域先是官兵與黃巾軍的爭戰之地，後是曹操、呂布、袁紹等軍閥的混戰之所。古城兗州、昌邑、定陶、廩丘、句陽、成陽、鉅野、乘氏成為軍閥爭奪廝殺的戰場，十幾座漢城毀於三國混戰。西晉末年，八王之亂，菏澤又成了爭戰之地。《文獻通考·曹州》條稱：“西晉之末，爭戰之地，三百年間，傷夷特甚。”【125】查譚其驤編《中國歷史地圖冊》就會看到，自三國至隋統一中國，菏澤之域被瓜分的四分五裂，版圖歸屬、政權變更皆像走馬燈一樣。隋末唐初、唐末五代、宋末金初、元末明初、明末清初、清末民國，每一次政權更替菏澤都是農民戰爭的重要戰場。這無疑都是對菏澤農業、商業經濟特別是歷史文化的極大摧殘。
3、歷史記載的缺憾與典籍的亡散
上古無文字，伏羲發明的是結繩記事。據考古發掘證實，4000年前已有今人不可辨認的象形符號，但不可能記載當時發生的人和事；3000年前殷商創甲骨文，現在出土10萬片，識認部分多為占卜和祈天之事，完整記述先民發展史的資料甚少。殷商及西周金文陸續面世，真正記載上古先民史蹟的文字也不多見。據學者研究，上古先民氏族部落及夏、商朝代更替史蹟，是靠本氏族專職人士代代口耳相傳而存。太昊、伏羲、炎帝、蚩尤、黃帝、顓頊、帝嚳、堯、舜、禹、商等，都有本氏族的嫡系傳人，至春秋文化發達、文字普及之時， 先民聖哲之史蹟，陸續由口傳之史，漸見諸子百家之書。又由於年代遠近之別，故先記周、商之事，後記禹、夏之跡；堯舜之事，年代久遠，嫡人傳史，必定愈傳愈少。周武滅紂，停戰伊始，先封太昊、炎帝、黃帝、顓頊、堯、舜、禹之後，說明在當時人們對誰是諸先王之後代氏族，分辨的十分清楚。他們得封國之後，理應像西周很多封國不斷出土的青銅器那樣，把自己的祖先之事記述下來，但至今發現甚少，皆因經濟無助之故。幸後世史官，把口傳的歷史陸續由諸子百家著於竹簡，得以傳世。李學勤先生研究，《尚書》裡不少內容，是當時發生而傳於後世，又寫入《尚書》的。其中堯、舜、禹史蹟寫入《尚書》，是堯、舜、禹後人代代相傳而得。《禹貢》雖為戰國人之作，但地理、山川、河流之名，不少就是堯舜之後代代相傳，至周朝尚在沿用；又加之堯、舜、禹三代相接、聯繫緊密，史官在整理百家口傳歷史之時，相互比較印證出一個最接近現實的結果，就是今日所見之《堯典》、《舜典》、《大禹謨》、《禹貢》、《商書》、《周書》等一些章節或語句。太昊、伏羲、炎帝、黃帝、蚩尤年代更遠，諸子、史家收集或整理口傳史料比堯、舜、禹、湯史料晚出是必然的，而且其準確性也會更差。經過千難萬難，諸子及史家，總算在春秋、戰國之際把上古先王史料用竹簡傳書於世了。但好景不長，秦始皇焚書，使諸子百家之書多焚於火。菏澤為上古先王聚集之地的史料，也都隨之付於一炬。後來的很多史料，應是秦漢方士出入春秋方國、戰國諸子的後代之家而得，陸續寫入緯書，而後入正史。
西晉皇甫謐作《帝王世紀》，第一次系統地把華胥、伏羲、炎帝、蚩尤、顓頊、帝嚳、堯、舜、禹、湯等先王與菏澤之陶、雷澤、大野澤、孟渚澤等地名水名聯繫在一起，必有所據。古往今來，很多人懷疑其史料來源。晉代文獻記載了皇甫謐表弟樑柳，曾任城陽太守（高密、諸城一帶），得先秦古籍送謐，【126】因作《帝王世紀》傳世。這個記載非常可信。因諸城一帶自戰國至晉，一直地處邊疆，少戰亂之禍。先秦古籍被齊、秦儒生收藏至祕，躲過焚劫，500年後像《汲冢竹書》那樣問世是十分可能的。可惜皇甫謐為標新立異，出《帝王世紀》，而失先秦古籍，實屬可惜。我們把《帝王世紀》和《竹書紀年》、《史記》、《漢書》相互印證，就會發現，這些文獻都把“成”、“成陽”、“三朡”、“陶丘”、“雷澤”、“菏澤”、“湯亳”、“大野澤”提得非常明確，都承認是先王之居，堯舜之居，商湯之居。從《竹書紀年》、《帝王世紀》、《史記》透露的信息表明，先秦有大量被焚燒的典籍，明確記載了菏澤為天下之中、先王之都的史料，可惜都已不復存在了。
4、民眾頻徙，失去口傳歷史
陝甘高原、三晉山區、豫西陵丘地帶和膠東泰蒙山地，都高於海拔百餘米甚至千餘米，地下珍藏先民文明的佐證，不是越埋越深，而是欲來欲易被發現。其地居民因無洪水離亂之害，也不乏上古先民之裔。更有菏澤先民之裔，徙遷各地，逐漸把伏羲、炎黃、蚩尤、堯、舜、禹、湯之事傳之於後代，而誤傳發生在徙居之地。經世代口耳相傳，先民史蹟會在這一地域傳播千秋萬代，這早已為學者共識。而菏澤則不同。西漢瓠子河決口達23年，使官民同徙。一徙江南就食，再徙新秦中戍邊。魏晉南北朝300年戰亂，民皆南逃；金兵亡宋，人又南逃；金、元至明初大水，使菏澤大地蕩然無存，民萬不存一。因黃泛，金、元、明三代不得不先後撤銷南華、冤句、乘氏、雷澤、臨濮、濟陰、楚丘、定陶、曹州、東明等幾乎所有行政建制，以新建一曹縣統領之。從明初至清初的三百年間，官府一次次向菏澤移民。據調查，菏澤市唐以前姓氏屈指可數，明以後移民後裔已達百分之九十以上。因而，菏澤民間沒有上古文化的傳說史。
