漢明帝知道馬皇后有處理政務的才能，遇到難裁決的事便回後宮讓皇后解決
漢明帝通過這件事，知道馬皇后很有處理國家政務的才能，有時漢明帝在朝堂上遇到公卿大臣難以裁決的事，便回到後宮試著讓馬皇后解決。馬皇后為他深入地分析事情原委，並提出解決方法，漢明帝也總是聽從。從此，馬皇后在漢明帝身邊服侍時，便幫他處理國家政務，彌補了許多朝政上的缺陷。但她從未提及過自己家的事，因此得到漢明帝的敬重。
永平十八年（公元75年），漢明帝去世，太子劉炟即位，是為漢章帝，馬皇后也被尊為皇太后。
明帝新喪，皇太后的弟弟馬廖、馬防、馬光，認為自己是皇親國戚，不顧國家法令，私闖宮門，非要強行入宮弔喪不可。把守官門的衛士楊仁遵照命令，不放任何人進去。
事後，馬廖向漢章帝告狀，說衛士楊仁妄自尊大，竟敢對國舅這樣無禮。漢章帝將此事告知馬太后，太后不僅沒生氣，反而讚揚說：楊仁執法不阿，不避權貴，這才是國家的忠臣。漢章帝便提拔楊仁為什邡令。
按照漢朝的制度，皇帝死後，諸貴人當徙居南宮。馬皇后感於惜別之懷，各賜以赤綬，加安車駟馬，越布三千端，雜布二千匹，黃金十斤。
她自己撰寫明帝的起居注，並把哥哥馬防侍奉明帝醫藥的事削去。漢章帝說：舅舅為先帝侍奉醫藥一年多了，不但沒有受到獎勵，反而連辛苦也不被記錄，母后也過分了吧?馬皇后回答說：我不想讓後人說先帝重用了皇后的家屬，所以我才沒有寫進去。
過了一年，章帝想按照兩漢制度封三個舅舅為侯爵，馬太后的三個弟弟都上章推辭，太后也不允許。當時，朝政掌握在太后手裡，一些大臣以為太后是故作謙虛，為了討太后和國舅的歡心，便趁第二年夏天，全國大部分地區都發生旱災，聯名上書說：天久旱不雨，是由於陛下不封外戚，引起陰陽失調。請陛下依照祖宗常法，加封帝舅們為侯。馬太后看到奏章後，非常氣憤，下詔說：“這些上書的人，都是想向我獻媚而謀求晉升。他們講的理由是荒唐的，毫無根據的。西京成帝時，王太后的弟弟王譚、王商、王立、王根、王逢五人同日封侯，當天，黃塵漫天，霧靄四塞，並不聞澍雨之應。武帝時，外戚竇嬰、田蚡，位寵身貴，橫行不法，傾覆之禍，為世所傳。先帝吸取這些的教訓，為防止外戚干政，不讓他們身處國家樞機之任。諸王的封邑，也減先王之半。他常說：‘我的兒子不應和先帝的兒子等同尊貴。’
皇子尚且如此，現在有些官員為什麼要拿我去攀比陰氏呢?我是天下主母，身穿粗布衣服，吃飯也不求甘美，左右隨從也只穿布衣，不用香薰花飾，這樣儉樸，為的是給天下人做個榜樣。
我的孃家人不明此理。最近我外出從家門附近經過，看見去你舅家問安的人，車如流水，馬如游龍，家裡的傭人也都穿著極其華麗的衣服，我心裡很不舒服。當時，我並沒有去譴責他們，不過，我回來之後，就立即斷絕了對他們的接濟，希望他們能從中認識錯誤，改過自新。但他們不以為然，依然故我，不以國家大事為重，一味地追求享受。知臣者莫若君，況且他們又是我的兄弟。我怎能辜負先帝的旨意，下愧我馬氏先人之德，重蹈西京敗亡的覆轍呢?”馬太后如此作並不只是謙虛，而是怕孃家人權勢過盛後，不知收斂，在自己死後如同西漢的那些外戚一樣，遭受滅族大禍，這是真心為家族著想。
章帝看完詔書後，覺得有些愧對三位舅舅。重新向太后請求：“兩漢制度，國舅封侯，和皇子封王一樣。太后固然謙虛，為何不讓兒臣加恩三個舅舅。況且舅舅們年紀很大了，萬一哪天過世，兒臣豈不抱恨終生。”太后瞭解章帝的心情，又進一步對章帝解釋說：“封侯的事我所以這樣決定，是從你和你舅舅兩方面的利益出發的，並非為慕得謙讓美名，使你蒙受無恩於外戚的指責。景帝時，竇太后要加封王皇后的哥哥，丞相周亞夫堅執不肯，認為高祖有誓言在先，無軍功者不得封侯。現在我的兄弟無功於國家，怎能和陰、郭中興皇后相比呢﹖我常想那些富貴人家，居高官厚祿，還圖加爵封土，這就好比再次結果的樹木一樣，必然傷動根基。況且人們謀求封候的目的，無非是上圖祭祀祖先時體面一點，下圖自己逸樂享受。現在我孃家祭祀用的是四方珍品，衣食則有國家供給，還有什麼必要再受一縣之封呢﹖我的決定是不會再更改了。你是個孝順的兒子，應該讓父母安心。如今天氣反常，農業歉收，糧價飛漲，人民生活還十分困苦，匈奴又在邊境尋釁，內憂外患，弄得我日夜難眠。你卻把封帝舅當作什麼大事、這不是違背了慈母的拳拳之心嗎?我生來脾氣剛急，有胸中氣，不可不順。如若陰陽調和，風調雨順，年成轉好，邊境靖安，到那時再實現你的意願也不遲。”漢章帝見太后堅持如此，也只好把封侯的事暫時擱起。
馬太后堅持以節儉的風氣化行天下，有三個親王車馬衣服很樸素，太后知道後，大加讚賞，每人賜給錢五百萬。她親族中有簡樸、謙讓義行的，她就加以勉勵，而對那些衣服車馬奢侈過度的，就開除他們入宮的門籍，遣送回家。在她的倡導下，全國上下都以簡樸為榮。後來，她母親太夫人去世，家中人把墳塋砌得高一些，超過了國家制度的規定，馬太后立命馬廖將高出的部分削去。
建初四年（公元79年），全國農業獲得了大豐收，邊境也太平無事。漢章帝又提出封三位舅舅為列侯的事，太后仍然辭讓，馬氏三兄弟也不願就封。
漢章帝堅持要封，受封之前，太后將三兄弟召來，勸誡他們說：“我年輕少壯時，時時提醒自己，居不求安，食不貪飽，恭謙克己，兢兢業業，只望能把國家治理好，讓百姓們生活得好一些，以不負先帝的遺願。希望各兄弟也能共承此志，使歸天之日，無所遺恨。”三兄弟接受了太后的勸導，受封后不久，便辭去官職，回家養老。
就在這一年，馬太后因病逝世，享年四十一歲。馬皇后一生勤儉樸素，平和謙遜，知書識禮，明理達義。她的所做所為，對明帝、章帝兩朝的政治都有著積極的影響，因此贏得後世人們的讚譽。
（本篇完）