董卓之亂最直接的結果就是引起了東漢末年各大勢力的大混戰，而在董卓進入洛陽的第2年之後，關中的各諸侯就開始了對董卓的討伐。然而這些各懷鬼胎的諸侯也大都是想著自己能成為割據一方勢力的軍閥，他們驕奢淫逸，禍害一方，妄圖成為這個時代的主角。而生活於亂世中的百姓則一直在戰亂與飢餓的惶恐之中備受煎熬。
蔡文姬寫道："斬截無孑遺，屍骸相撐拒。馬邊懸男頭，馬後載婦女。"這句詩十分形象的描繪了當時東漢朝末期各大勢力混戰的場面。而也正是這些軍閥打開了亂世的大門，中原從此又陷入混戰時代在長達400年之久。
可以說董卓之亂在民間最大的消極影響便在於當時人們意識形態的改變。雖然184年爆發的黃巾起義，得到了百姓們的廣泛響應。表現出了百姓對漢朝出現了認同危機。可是絕大多數人還是對漢朝抱有著感情，即使當時朝廷權威低落，但還不至於所有人都想著顛覆漢朝。
進入洛陽的董卓原本仍是尊重皇權，人們對他保有著能夠中興漢室的希望，可惜董卓失敗了，而漢朝想要再回到昔日的輝煌也成了枉然。
如果說董卓掌權的時候，人們還對存在了四百多年的漢王朝有著擁戴之情，有著一絲死灰復燃的信心的話，那麼在董卓失敗之後，可以說天下百姓對於漢朝的認同感已經徹底消失殆盡。大文豪蔡邕就是其中的代表。
蔡邕年輕的時候是指點江山的一個憤青，可惜當時黑暗的朝廷使得他當官不順，一貶再貶，流浪各地。等到董卓掌權的時候，他就起用了蔡邕。雖然蔡邕已不再年輕，但對漢朝的忠誠依然存在，而且他相信，憑藉大家的努力，經過一次次的改革，漢朝還是能夠復興的。可是董卓失敗了，因此光復漢室的希望也就沒了。
等到董卓死後，蔡毅更是撫屍痛哭，最後被當做董卓的同黨斬首。然而蔡毅痛哭董卓並不是因為他認同董卓或董卓是同黨而哭，他是哭自己心中光復漢室的理想破滅，哭的是漢朝最後復興的希望消失了。
在蔡邕等知識分子的心中，漢朝在董卓被滅後徹底成為了過去式。董卓之亂對於東漢起到的最直接致命的影響就是耗盡了中央最後的一點力量。內亂、遷都和混戰的代價從漢獻帝劉協逃回洛陽之後就顯現了出來。
196年漢獻帝劉協回到了東漢王朝的宮廷之中，卻只能在一個破敗的院子裡辦工，而隨從的大臣數10人，他們甚至都無法保障自己的衣食住行，尚書郎以下的臣子都必須自己去城外採摘野菜來充飢，他們和飢餓的百姓幾乎沒什麼兩樣。這種情況下更不可能有什麼中央軍隊了。這些都是董卓之亂後最直觀的的表現。
這個時候漢朝已經失去了號令天下，管理全國的可能性，因此可以說是董卓失敗之後，漢朝才到了不可挽救的地步，而三國的亂世也至此才到來。