動物檢疫監督檔案是指在動物檢疫監督活動過程中收集到的全面而真實的原始工作記錄，經過整理、統計、分類等處理，成為系統的資料，包括動物防疫、檢疫、監督等專業技術材料，調研的原始記錄，公務文件及業務指導等各種文書。按照檔案管理規範要求，結合實際情況，動物檢疫監督檔案總體分為文件檔案和業務檔案兩大類。
1、文件檔案
包括：上級文件，如各類指導文件、通知等；業務工作（總結）材料，如各類業務工作的請示、總結、彙報等書面材料；國家及省級行政管理部門有關的畜牧、獸醫、動物疫病防控的各種技術規範、技術要求和工作指導等。以上文件材料可按年份、類別進行分類彙總，裝訂成冊。
2、業務檔案
產地檢疫檔案。包括產地檢疫申報單、產地檢疫工作記錄、區域養殖情況巡查情況記錄表、產地檢疫月統計表、病害動物及動物產品檢疫處理記錄表、檢疫處理通知單、動物檢疫合格證明領取及使用記錄表。
屠宰檢疫檔案。包括屠宰檢疫申報單、屠宰動物宰前查驗情況登記表、屠宰動物屠宰檢疫工作記錄表、違禁藥物（瘦肉精）監督檢測記錄表、屠宰檢疫月統計表、病害動物及動物產品檢疫處理記錄表、檢疫處理通知單、動物檢疫合格證明領取及使用記錄表。
監督檢查檔案。包括動物定點屠宰場監督檢查記錄表、動物養殖場（專業戶、小區）監督檢查記錄表、動物產品加工（儲藏）場所監督檢查記錄表、散養動物飼養戶監督檢查記錄表、動物及動物產品交易（貿易）場所監督檢查記錄表、家禽孵化場監督檢查記錄表、集貿（交易）市場動物衛生日常監管登記表、動物診療場所監管記錄表。
檢疫報表檔案。包括檢疫月報表、季度報表、半年報表、年報表及其他相關數據。其中年報表有動物衛生監督機構設置情況表、動物衛生監督執法人員情況表、動物衛生監督執法人員違法違紀處理情況統計表、違反《動物防疫法》案件查處情況表、動物衛生監督證章及標誌使用情況表。半年報表有養殖環節生豬無害化處理補貼報表。月報表有動物產地檢疫情況表、動物屠宰檢疫情況月報表、交易市場動物衛生監督報表、動物防疫監督檢查站業務報表、動物及動物產品無害化處理情況表。
隔離場監督檔案。記錄每次隔離動物的具體情況，包括動物隔離場（所）申報審核表、住場動物隔離觀察日誌、動物隔離觀察處理報告書、動物隔離處理情況統計報表。
無害化處理監督檔案。記錄病害動物及動物產品無害化處理開展的情況，如無害化處理時間、地點、數量、處理方式、監管人員等。相關表格有規模養殖場（小區）養殖環節病死動物無害化處理情況統計表、規模養殖場（小區）養殖環節病死動物無害化處理相關情況月報表、規模養殖場（小區）病死動物無害化處理憑據。
3、檔案管理設專人負責，保存檔案須有專用庫房
動物檢疫監督檔案管理應安排嚴謹、細心、負責的人員進行專門管理，檔案管理人員要參照檔案管理規定做好工作，負責收集、整理、保管本單位的檔案材料。檔案管理人員對下屬單位或相關部門報送的基礎數據進行分類整理，同時監督採集數據的真實性和準確性，並根據制度規定，規範建檔，滿足評估認證、落實檢查等工作需要，做到有痕可查有跡可循。保管檔案應配有專用庫房，並設檔案櫃，還須配備一些相關檔案管理設備必需品，如打孔器、切刀、裝訂夾等。檔案庫房是檔案資料保存的重要場所，是整理、提供利用檔案的中心。檔案管理人員根據檔案保存的年限、種類、項目等進行分類並妥善管理。
動物檢疫監督檔案的管理是動物檢疫監督工作的一項重要內容，它的整理保存有利於探索動物疫病的發展規律，為動物疫病的防控和指導生產提供科學依據，指導政府制定動物疫病的防控規劃，在實際工作中具有很大的利用價值。
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