根據中國校友會網發佈的2017新疆獨立學院綜合實力排行榜，新疆排名前三的獨立學院是，
1、新疆大學科學技術學院
新疆大學科學技術學院成立於2002年8月。2004年1月，通過教育部關於辦學資質的審核，成為我國首批本科院校舉辦的獨立學院。2012年5月,通過自治區學位委員會、自治區教育廳審核,學院取得學士學位授予權資格。
新疆大學科學技術學院現校址為新疆烏魯木齊市西北路499號，搬遷後為阿克蘇地區溫宿縣新城區學府路1號。阿克蘇校區校園佔地面積2856畝，分三期建設，其中一期佔地面積1700畝，建築面積近30萬平方米，共投入建設資金15億元，規劃在校生6000-8000人；二期規劃建築面積21.7萬平方米，遠期規劃建築面積17萬平方米；遠期規劃在校生15000人。
2、新疆農業大學科學技術學院
新疆農業大學科學技術學院2002年7月經自治區教育廳批准成立，2004年經國家教育部重新審批確認，為全國首批確認的124所（其中新疆2所）獨立學院之一，是實施本科層次普通高等教育的獨立學院。
學院位於烏魯木齊市農大東路110號，校園佔地80畝，現擁有設備先進、條件優良的各類專業實驗室、信息化教室、圖書閱覽中心等，並創建烏魯木齊市高校首家全自動錄播教室；共有各類教室6029個座位；現有教學儀器設備近3000萬元，共享農大6000多萬元，圖書26.8萬冊，共享農大95萬冊。
3、新疆財經大學商務學院
新疆財經大學商務學院是新疆財經大學引入社會良好資金，按新機制、新模式舉辦的本科層次的二級學院，是經自治區教育廳，國家教育部先後審查確認的財經類院校。新疆財經大學商務學院的辦學主體是新疆財經大學。
新疆財經大學商務學院開設會計學、金融學、財務管理、國際經濟與貿易、市場營銷、旅遊管理、稅務、法學、人力資源管理、新聞學、電子商務。