根據艾瑞深中國校友會網發佈的2017南京市最好大學排行榜，以下是南京市最好的3所大學，
1、南京大學
南京大學（Nanjing University），簡稱“南大”，是教育部直屬、中央直管副部級建制的全國重點大學，國家首批“211工程”、“985工程”高校。
截止2016年6月，南京大學擁有專業碩士學位授權點23個，專業博士學位授權點1個，碩士學位授權一級學科18個，碩士學位授權二級學科點（不含一級學科覆蓋點）9個，博士學位授權一級學科40個，博士學位授權二級學科點（不含一級學科覆蓋點）3個，博士後流動站38個，國家級人才培養基地13個；有一級學科國家重點學科8個，二級學科國家重點學科13個，江蘇高校優勢學科建設工程二期項目立項學科與重點序列學科22個。
2、東南大學
東南大學（Southeast University），簡稱東大，位於江蘇省省會南京市，是中央直管、教育部直屬的副部級全國重點大學，著名的建築老八校及原四大工學院之一，國家“211工程”、“985工程”首批重點建設的大學。
國家特色專業建設點（23個）：建築學、城市規劃、機械工程及其自動化、熱能與動力工程、信息工程、通信工程、土木工程、工程管理、電子科學與技術、數學與應用數學、自動化、計算機科學與技術、軟件工程（軟件工程方向）、軟件工程（網絡工程方向）、生物醫學工程、材料科學與工程、電氣工程及其自動化、交通工程、道路橋樑與渡河工程、測控技術與儀器、醫學影像學
3、南京農業大學
南京農業大學（Nanjing Agricultural University）坐落於鍾靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，是一所以農業和生命科學為優勢和特色，農、理、經、管、工、文、法學多學科協調發展的教育部直屬全國重點大學，是國家“211工程”和“985工程優勢學科創新平臺”重點建設高校之一。
國家級特色專業：生物科學、農業機械化及其自動化、食品科學與工程、園藝、農業資源與環境、土地資源管理、動物科學、植物保護、農學、動物醫學、農林經濟管理。