阿莫西林的不良反應與很多因素有關，不是每個人都會發生，一般發生率很低，不要看到列了一大串不良反應就不敢用藥了。在用藥時出現不良反應，輕微而又需繼續治療的，可以一邊治療一邊觀察，同時向醫師及藥師諮詢。較嚴重的或說明書沒有記載的不良反應應立即停藥到醫院就診，排除是不良反應還是出現新的病情。
1.胃腸道 噁心、嘔吐、腹瀉等胃腸道症狀較為多見(約佔3.1%)；偶有致假膜性腸炎的報道。
2.過敏反應 皮疹(約2%，易發生於傳染性單核細胞增多症者)、藥物熱、哮喘等過敏反應症狀也較為常見；偶可引起過敏性休克。
3.肝臟 少見血清丙氨酸氨基轉移酶或天門冬氨酸氨基轉移酶輕度升高。
4.腎臟 偶見急性間質性腎炎等。
5.血液 偶見血液學異常，如貧血、血小板減少、嗜酸粒細胞增多、白細胞減少等。
6.中樞神經系統 偶見興奮、焦慮、失眠、頭暈、行為異常及驚厥等。
7.二重感染 長期、大劑量用藥可致菌群失調，出現由念珠菌或耐藥菌引起的二重感染。
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