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清朝乾隆初年，北京西郊海淀一帶的園林增多，大量的園林用水使得耗水量與日俱增，當時園林用水除了流量較小的萬泉河水系外，多來自玉泉山發源、流入西湖之水，而這也是明代以來通惠河的水源。
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乾隆十五年（1750年），為了籌備崇德皇太后（孝聖憲皇后）的60大壽，乾隆帝以治理京西水系為藉口下令拓挖西湖，攔截西山、玉泉山、壽安山來水，並在西湖西邊開挖高水湖和養水湖，以此三湖作為蓄水庫，保證宮廷園林用水，併為周圍農田提供灌溉用水。乾隆帝以漢武帝挖昆明池操練水軍的典故將西湖更名為昆明湖，將挖湖土方堆築於湖北的甕山，並將甕山改名為萬壽山。
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乾隆二十九年（1764年）建成清漪園，耗銀480餘萬兩。清漪園內以中國古代神話中“海上三仙山”的構思，在昆明湖及西側的兩湖內建造三個小島：南湖島、團城島、藻鑑堂島，以比喻海上三山：蓬萊、方丈、瀛洲。
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清漪園的總體規劃以杭州西湖為藍本，同時廣泛仿建江南園林及山水名勝，如鳳凰墩仿太湖、景明樓仿岳陽樓、望蟾閣仿黃鶴樓、後溪湖買賣街仿蘇州水街、西所買賣街仿揚州廿四橋等等。園內的主體建築為大報恩延壽寺，並有一條長達700多米尺的長廊，其建築與裝飾繪畫都相當精彩具有藝術價值以及眾多遊賞建築。 頤和園萬壽山清漪園園中理政及居住性質的建築極少，乾隆帝遊覽清漪園均為當日往返，從未在園中居住。
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清朝道光年後，由於國力衰弱，宣佈撤三山陳設，清漪園逐漸荒廢。咸豐十年（1860年），清漪園被英法聯軍大火燒燬。 光緒十年至二十一年（1884年至1895年），為慈禧太后退居休養，以光緒帝名義下令重建清漪園。由於經費有限，乃集中財力修復前山建築群，並在昆明湖四周加築圍牆，改名頤和園，成為離宮。
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宣統三年（1911年）十二月二十五日溥儀退位，頤和園作為溥儀私產，仍由清室內務府管理。由於皇家經費逐年短欠，清室財源日趨枯竭，為補貼園林的財政，民國三年（1914年）1月14日，清室內務府將頤和園改為售票參觀。4月外交部、內務部、步軍統領衙門和清室內務府商定：“於開放遊覽之中、寓存籌款之意”，提出《頤和園等處售券試辦章程》。規定從5月6日開始正式對社會售票。
