這個問題要看你的打算，以後準備在哪裡就業？選的是什麼專業？要不要讀研？
單從學校質量和名聲來說，南京大學要好於華中科技大學。畢竟南大是華東五校之一，而且是綜合性院校，文理都很強。華中科技大學是個偏工科的學校，從底蘊、歷史、排名都差一些。但這個其實不是最關鍵的。我見過南大物理系畢業的人，找不到工作，他是物理競賽進的南大，而南大物理系是很不錯的。因此，這些排名之類的關係不是那麼大。除非你將來要讀博，要搞研究，那麼從這兩所學校中挑一個學科更強的。
一般的就業，就按地點和專業來挑，其實對於工科專業來說，南大也不錯。如果在武漢工作，挑華中科技大學。其他地方，挑南京大學。對這兩所學校來說，專業第一位，學校排第二，你挑一個自己喜歡的專業，但能考上的學校就行。
這兩所學校都是非常不錯的985高校，無論上哪所高校都是好的。但這兩所高校擅長的東西和地理位置又完全不同，甚至交集都很少。華科是典型的工科和醫科學校，而南大相比人文和理科更擅長。
我覺得到底想選擇哪所學校，應該從幾個方面來看，你考慮的角度不同，選擇結果自然不一樣。
以我的一個經歷來說。我當初打算考研時，想跨專業考新聞傳播學專業，當時想著考研要麼就考這個專業全國都排的上號的學校，要麼就不考不去上。新聞學專業查了一下，覺得復旦、人大和武大都很好，華科交大這些理工科更強雖然新聞也不錯的根本沒在考慮之列，因為覺得這些學校人文氣息不是很強。最後覺得武漢地理位置不錯、難度小點且大學漂亮，就選擇了這個學校，雖然沒有考上。說這個事情的意思呢，就是讓大家在選擇時，多考慮一下，你到底注重哪個方面。
第一、學校的歷史
南京大學：是民國四大高校之一，在院系調整時被拆分的七零八落，當然受苦的不止它一個，曾經的很多國立當頭的高校基本都被拆分過，而且大部分院校後期也沒有合併過其他院校或者被拆分的部分也沒有迴歸，有些學校就這樣沒落了比如河南大學和山西大學，有些雖然不如往昔但還保持曾經的強勢，比如南京大學和浙江大學，依然是中國頂尖的院校之一。
華中科技大學：相比那些老牌高校，它算是新貴，在50年代院系調整時，應國家的發展需求而生，是當時的四大工學院之一華中工學院（確切說當時是佈局了八大工學院，只是後四所因為不歸教育部直管，被提及較少。北京工業學院現北京理工大學和西北工學院現西北工業大學屬於國防類，東北工學院現東北大學屬於冶金部，成都工學院現併入四川大學屬於中科院）。2000年由原華中理工大學、同濟醫科大學、武漢城市建設學院合併成立。我認為合併後的華科簡直是坐上了火箭的速度在進步。
第二、學科評估的結果，綜合實力南大更勝一籌
1、A級學科評估
南大相比第三次學科評估是有些退步的，當然原因是多方面的，即使這樣也扔不失一個頂尖高校的格局。但華科在這次的評估中相比來說並不亮眼。
南京大學21個，排名全國第6；華中科技大學14個，排名全國第17名
2、一流學科評估
南京大學15個，排名全國第6；華中科技大學8個，排名全國第14名
第三個、你到底想學什麼專業
剛才我們看到如果論綜合實力，現在還是南京大學更強一些。
上大學無非就是選個好大學或者選個好專業，那說到雙方的一流學科和A級學科各有不同，所以如果具體到要上什麼專業，選擇也是不同的，比如機電我建議選擇華科，天文學當然選南大。
那哪些專業適合選擇華科呢？
機械工程、光學工程、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、計算機科學與技術、基礎醫學、公共衛生與預防醫學、生物醫學、新聞學、物理學、生物學、臨床醫學、工商管理、公共管理
那哪些專業適合選擇南大呢？
哲學、法學、中國語言文學、外國語言文學、物理學、化學、數學、地理學、生物學、中國史、天文學、大氣科學、地質學、材料科學與工程、計算機科學與技術、化學工程與技術、礦業工程、環境科學與工程、圖書情報與檔案管理、社會學、工商管理、軟件工程、理論經濟學、生態學、電子科學
如果說到兩個公共的計算機、物理學，南大更有優勢。
第四個問題、你想去哪裡就業
首先不論是南大畢業還是華科畢業找工作肯定不愁，就業情況都是不錯的，比如南大本科就業率98.3%，本科平均薪資近13.9萬/年；華科本科就業率96.3%，本科平均薪資10.4萬/年。
剩下的更多的要看就業城市。從大多數學校的就業數據來看，基本上你選擇了哪個城市，至少有30-40%的人會留在當地，當然了這和當地生源比較多有一定關係的。類似北上廣這幾個地方，留在當地的比例甚至達到80-90%。你上哪個學校有很大的機率決定你在哪個城市工作和生活。還有一種情況就是你們學校的整體就業趨勢決定了去往哪幾個省份的概率最大。
南大七成以上集中在江蘇上海和廣東，其中江蘇佔一半左右。
華科廣東26%，湖北25%，上海10%，相比來說沒有比例特誇張的
這兩所學校都是相當好的大學，985、雙一流，各自光環都不少。第一感覺是選南京大學，畢竟華東五校的名氣很大，但細一考慮，還是要以專業不同來區分如何選擇為好。
一、南京大學。南京大學的優勢學科是人文社科類和理學類。教育部第四輪學科評估結果，南京大學的圖書情報與檔案管理、地質學、天文學獲A+評級；計算機科學與技術、環境科學與工程、軟件工程、哲學、物理學、生物學、中國史、社會學、工商管理、中國語言文學、外國語言文學獲A級評級，化學、數學、理論經濟學、法學、地理學、生態學、電子科學與技術獲A-評級。A類學科總數21個，全國排名第六。南京大學A類工科專業只有4個，可見南京大學的優勢學科特色。南京大學近年來發展不盡如人意，面臨頂尖人才出走等不利情況，2016-2017就有4名長江學者去其它大學任教，學科水平有所下滑，目前已經在華東五校中排名靠後。
二、華中科技大學。原華中理工大學與同濟醫學院、武漢城市建設學院合併組織華中科技大學。教育部第四輪學科評估，華中科技大學4個學科獲A+評級：機械工程、光學工程、生物醫學工程、公共衛生與預防醫學；3個學科獲A評級：新聞傳播學、電氣工程、計算機科學與技術；7個學科獲A-評級：物理學、生物學、控制科學與工程、臨床醫學、公共管理、工商管理、動力工程及工程熱物理。A類學科總數14個，比南京大學少了7個。
南京大學近年雖然出現一些不利情況，但總體實力還是超過華中科技大學不少。華中科技大學雖然總體實力不如南京大學，卻有一些南京大學無法相提並論的亮點，其優勢在工科類專業和醫學類專業。
結論：如果在專業上傾向於機械工程、電氣工程、光學工程、生物醫學工程、控制科學與工程和醫學類專業，請選華中科技大學；其它專業全部都選南京大學好了。
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華中科技大學和南京大學該怎麼選擇，這個問題沒有標準的統一答案，因為兩所大學的側重點和特色專業不同，所以，不同的考生就是不同的選擇。
從兩所大學的歷史淵原來講，南京大學的歷史基礎和文化底蘊遠遠要超越華中科技大學，南京大學儘管是一所綜合類大學，但是，它有不少專業在全國赫赫有名。儘管它的應用物理學在全國排第一名，化學在全國排第四名，但是它的大氣科學，應用氣象學等專業也非常著名；地球化學在全國排第一名，地質學在全國排第一名，材料物理在全國排第二名；國際政治在全國排第六名，政治學與行政學在全國排第五名，漢語言文學切全國排第一名，漢語國際教育在全國排第一名，英語j全國排第一名，德語在全國排第二名，法語在全國排第一名。西班牙語在全國排第二名，廣播電視學界全國排第14名，編輯出版學在全國排第八名，漢語言在全國排第四名，工商管理在全國排第二名，市場營銷在全國排第二名，會計學在全國排第三名，財務管理在全國排第一名，行政管理在全國排第二名，圖書館學在全國排第三名，檔案學在全國排第一名，電子商務在全國排第一名；
南京大學的綜合實力在全國排在第六名。其中人才培養第六名，科學研究第六名。
華中科技大學的綜合實力在全國排在第十名，其中人才培養第九名，科學研究第十名。
中科技大學是我國工科類院校中的後起之秀，也是我國工科類大學中的名校和強校，有不少專業在全國雄居榜首；
機械設計製造及其自動化在全國排第一名
材料成型及控制工程在全國排第一名
功能材料在全國排第一名
光電信息科學與工程在全國排第二名
集成電路與集成系統在全國排第三名
電氣工程及其自動化在全國排第四名
生物製藥在全國排第二名
預防醫學在全國排第一名
醫學影像學在全國排第一名
中西醫臨床醫學在全國排第四名
醫學影像技術在全國排第一名
經濟統計學在全國排第二名
公共事業管理在全國排第一名。
南京大學和華中科技大學儘管都是教育部直屬大學，985工程大學，雙一流建設大學，但是如果從綜合實力的角度來比較，南京大學要比華中科技大學好。考生可以根據自己的愛好興趣和特長，在兩所大學之間進行綜合選擇。
本科南大，碩士華中科大。要說學校整體名氣，南大稍強。因為我剛到華科的時候很多人都驚訝。專業，南大文理強，華科一些工程學科強。兩所學校學風都很好。生活，華科食堂好吃些，逛街方便。妹子，南大多些。
看專業排名吧。
反正我是南大畢業的，我愛南京，我愛南大，吾愛吾師！
從就業來說，華科比南京大學強很多，華科畢業，很搶手，而南京大學畢業，找工作也不容易！
此類問題其實很有隱蔽性，對考生的誤導顯而易見。考生對學校的選擇，最終落實到專業上。華科和南大（南京）處於武漢、南京，區域位置基本一樣。都是老牌985，名氣相差不大，但王牌專業卻大不一樣，就看你以後想從事哪方面工作了，而不是簡簡單單以學校來區分。
華科和南大，都是985高校，其中南大更是華五。南大金融，物理，計算機是A級學科，其他學科基本在B+。華科是工科院校，它計算機，機械工程是A類學科。說句真心的，進它倆，看你自己選專業，如果能進南大，還是南大吧！南大在世界範圍內都是相當知名的！
華中科技大學對標的應該是東南大學，不是南京大學。
