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莫高窟在元代以後已很鮮為人知，幾百年裡基本保存了原貌。
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但自藏經洞被發現後，隨即吸引來許多西方的考古學家和探險者，他們以極低廉的價格從王圓籙處獲得了大量珍貴典籍和壁畫，運出中國或散落民間，嚴重破壞了莫高窟和敦煌藝術的完整性。
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1907年，英國考古學家馬爾克·奧萊爾·斯坦因在進行第二次中亞考古旅行時，沿著羅布泊南的古絲綢之路，來到了敦煌。
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當聽說莫高窟發現了藏經洞後，他找到王圓籙，表示願意幫助興修道觀，取得了王的信任。於是斯坦因就被允許進入藏經洞揀選文書，他最終只用了200兩銀兩，便換取了24箱寫本和5箱其他藝術品帶走。
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近代，除了藏經洞文物受到瓜分，敦煌壁畫和塑像也蒙受了巨大的損失，所有唐宋時期的壁畫均已不在敦煌。
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伯希和與1923年到來的哈佛大學蘭登·華爾納先後利用膠布粘取了大批有價值壁畫，有時甚至只揭取壁畫中的一小塊圖像，嚴重損害了壁畫的完整性。
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王圓籙為打通部分洞窟也毀壞了不少壁畫。1922年，莫高窟曾一度關押了數百名俄羅斯沙皇軍隊士兵，他們在洞窟中煙熏火燎，破壞不小。
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1940年，張大千在此描摹壁畫時，發現部分壁畫有內外兩層，他便揭去外層以觀賞內層，這種做法後來引發了爭議，依然爭論不休。1940年至1942年，國畫家張大千兩次赴敦煌莫高窟臨摹壁畫，在那裡逗留的時間加起來約一年多，剝損壁畫的事情就發生在這期間。張大千剝損的壁畫總共約有30餘處。莫高窟第130窟是敦煌最具代表性的石窟之一，窟內26米高的佛像是敦煌第二大佛。
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據記載，這座石窟歷時29年才築成，平均一年掘進一米，而張大千在短時間內使它大大改觀。如此典型的被他剝損壁畫的石窟還有第108窟、454窟等。
