1985年，烏干達政府派出了一隊醫生，調查靠近坦桑尼亞邊境附近的一個漁村裡面的神祕疾病，在過去的4年時間裡，這裡已經有上百人無故消瘦、死亡，因此被當地人稱為消瘦病。關於這個所謂的消瘦疾病的來源有很多種說法，有些人說是巫術的結果，有的人說這是神的懲罰；還有人說是當年坦桑尼亞派兵攻打阿明的時候，大炮釋放出來的病毒導致的等等。
通過對這個地區的人口進行檢查，使得烏干達的醫生們有了結論：這種消瘦病是幾年前世界才發現的一種疾病，全稱叫做獲得性免疫缺陷綜合症（簡稱為AIDS），中文名叫做艾滋病。隨後，烏干達的醫生們對這個地區的人口進行了普查，發現已經有很大比例的人口身上攜帶了會導致艾滋病的人體免疫缺陷病毒HIV，這個地方和鄰近的坦桑尼亞一起，似乎已經成了傳播艾滋病的中心地帶。
這個時候，人們對艾滋病這個新疾病知之甚少。1982年，美國開始有研究認為艾滋病的傳播的途徑為性行為，當時在美國有人將這個疾病的名字叫做男同性戀相關的免疫缺陷(簡稱為GRID)。不過隨後有關機構很快發現有一半患有艾滋病的人口和同性戀沒什麼關係，於是才決定 於1982年8月將其改名為性免疫缺陷綜合症。
通過相關專家的調查，認為艾滋病很可能是從分佈在非洲中西部的一種大猩猩傳到人上面的。因為在像大猩猩這種和人類非常相似的動物身上，發現過與HIV-1型病毒非常相似的病毒，這個說法現在基本上得到的公認。至於艾滋病是通過什麼方式傳到人身上的，就有很多爭議了，目前普遍認可的說法，是大約在20世紀初期，在剛果雨林一些獵人的血和受感染的大猩猩的血有了接觸而感染上的，當然也有一部分認為是通過有獸交感染上的。
最早在歐洲和美國的研究發現，艾滋病基本上在同性戀人群和吸毒者中傳播，而非洲的情況顯然不同，至少在非洲，同性戀和吸毒、輸血不是艾滋病傳播的主要原因。在1984年的時候，艾滋病就已經隨著坦桑尼亞軍隊抵達了烏干達首都坎帕拉，貨車司機和妓女是其主要傳播者。兩年後，在盧旺達和布隆迪等國的妓女已經有超過三分之二的妓女都已經攜帶HIV病毒。1989年烏干達的一份官方調查顯示，烏干達的HIV攜帶者已經達到80萬人之多，艾滋病在烏干達已經非常嚴重。盧旺達於1986年開始調查艾滋病問題，發現城市人口的接近20%，農村人口的1%已經攜帶HIV,這個總人口數字還包括了老人和兒童，因此成年人口裡面的比例更加驚人。
大約從烏干達、盧旺達、扎伊爾東部開始，艾滋病通過移民、戰爭等等途徑四處傳播，並迅速遍及黑非洲，這個地區傳播的是HIV-1型病毒。1990年世界衛生組織的報告顯示，烏干達感染HIV-1的人口超過20%，肯尼亞大約為16%，扎伊爾約為13%，馬拉維約為13%，坦桑尼亞約為11%，布隆迪約為5%，贊比亞約為5%，盧旺達約為4%，剛果布約為3%，津巴布韋3%等等。
現在人們都知道了，艾滋病給已經多災多難的非洲帶來了非常嚴重的問題。艾滋病的患病人群基本上都是15歲到50歲的人口，這是社會上最能夠創造價值的群體。一般地，大約有一半的人在25歲之前就患上艾滋病，在35歲之前去世，給社會帶來巨大的勞動力損失，特別是熟練工的損失。家庭裡面主要勞動力的去世，也給社會帶來了太多的問題，孤兒數量大幅度增加，給社會帶來了沉重的負擔。更可怕的是，艾滋病還可以通過母嬰傳播，這就帶來了大量的艾滋病孤兒，這些艾滋病患兒大多數活不到入學年齡。
可是在艾滋病傳播的早期，非洲極少有領導人意識到這種疾病的嚴重性，還有些非洲領導人拒絕承認這個疾病，認為是西方人愚弄非洲人編造出來的故事。一些國家為了維護所謂的聲譽，擔心會影響旅遊業，拒絕公佈相關數字。在非洲大部分國家，幾乎見不到任何有關艾滋病危害的相關宣傳，而錯誤的宣傳確卻比比皆是，比如在坦桑尼亞，艾滋病被稱為“殺了我也不放棄年輕女郎”；在扎伊爾，艾滋病則被說成了”阻礙愛人的想象綜合症”。
在艾滋病被發現之初就認真對待的非洲國家只有兩個：烏干達和塞內加爾。1986年，烏干達的穆薩文尼上臺之後，開始公開宣講艾滋病的危害，喚起人們重視，要求人們小心對待。穆薩文尼要求各級政府重視這個問題，建立了全國的艾滋病控制計劃。穆薩文尼還在全國推動了預防艾滋的宣傳，宣講ABC or D：節慾（Abstain），忠誠（Be Faithful），避孕套（Condoms），否則就死亡（Death）。不過由於烏干達政府缺乏資金，人均醫療費用僅有每年60美分，於是穆薩文尼就像國際上的各種組織請求援助。在眾多國際援助下，烏干達開始對人群定期進行血液檢查。到了2000年，烏干達的HIV攜帶者已經從最高時期的21%降到了6%。
但是大多數非洲國家直到九十年代都對此無動於衷，由於艾滋病從感染病毒到發病的潛伏期很長，很多國家對此根本不予重視。等到艾滋病已經成了大多數非洲國家的主要問題，對社會的影響逐漸顯現出來，這些國家才開始重視艾滋病的問題。儘管如此，在南非2008年下臺的前總統姆貝基在九年執政期間，仍然認定，是貧窮，而不是HIV，導致了艾滋病。